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Bedeutung der cDNA-Sequenzierung eines bestimmten Gens in verschiedenen Pflanzen

Bedeutung der cDNA-Sequenzierung eines bestimmten Gens in verschiedenen Pflanzen


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Ich möchte wissen, was ist, wenn ich eine cDNA-Sequenz eines bestimmten Gens in verschiedenen Pflanzen erstellt habe - was ist das Wichtige an der Sequenz und kann ich Unterschiede zwischen Pflanzen feststellen und kann ich diese Sequenz verwenden, um das cis-regulierende Element zu bestimmen?


Nein, cDNAs sind Kopien von gespleißten mRNAs und enthalten typischerweise eine 5'-UTR (untranslatierte Region), einen offenen Leserahmen oder ORF und eine 3'-UTR. Die cis-regulatorische Informationen könnten durch die Sequenzierung der genomischen DNA stromaufwärts des Gens bzw. der Gene aufgedeckt werden. Dort findet man normalerweise den Promotor (obwohl es einige seltene Ausnahmen gibt, insbesondere für Gene, die von der RNA-Polymerase III transkribiert wurden).


Die Bedeutung der Sequenzierung

Sequenzvergleiche sind wichtig, da Biologen dazu neigen, Vorkenntnisse zu verwenden, um Rückschlüsse auf die Funktion unbekannter Entitäten zu ziehen.

Bestimmung von flankierenden Sequenzen

Mit Genome Walking können Sie flankierende Regionen bekannter Sequenzen isolieren. Es ist eine einfache sich wiederholende Methode. Die Anzahl der Wiederholungen hängt davon ab, wie weit Sie stromaufwärts oder stromabwärts Ihres interessierenden Gens gehen möchten.


Ein Punkt ist die cDNA-Sequenz, die für ein bestimmtes Protein kodiert. Sie werden Unterschiede in der Kodierungssequenz zwischen Pflanzen verschiedener Arten finden und innerhalb derselben Spezies Unterschiede, wenn Sie die Genotypen für die Promotoranalyse vergleichen, müssen Sie die genomische DNA verwenden, mindestens 1 kb stromaufwärts des ATG, oder mehr (möglicherweise gibt es Introns)


Schau das Video: cDNA Synthesis Protocol by Reverse Transcription (Kann 2022).