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2.1: Sitzung 1 - Biologie

2.1: Sitzung 1 - Biologie



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Sitzung 1 beginnt mit einem Sicherheitsvortrag und einem Labor-Check-in. Sie werden auch Wildtyp (wt)-Abl-Plasmid-DNA für die anschließende Mutagenese isolieren.

  1. Vorbereitung von LB-Medien (die grauen Angaben können von Ihrem TA erstellt werden) LB-Medien (Luria-Bertani) müssen für die Verwendung bei der Bakterienzüchtung und Proteinexpression, die Sie in den nächsten Sitzungen durchführen werden, vorbereitet und sterilisiert werden. Die Medien sollten eine Endkonzentration von 1 % Bactotrypton, 0,5 % Hefeextrakt und 1,0 % NaCl in Wasser enthalten. Mit dem vorgemischten Pulver 25 g LB-Pulver/l Wasser hinzufügen, um die gewünschte Konzentration zu erreichen. Bereiten Sie eine 500-ml-Lösung von LB in einem 1-l-Kolben und eine separate 100-ml-Lösung in einem 200-ml-Behälter vor. Decken Sie die Behälter zur Sterilisation mit Aluminiumfolie ab und stellen Sie sicher, dass die Kappe nicht auf den 200-ml-Behälter geschraubt ist. Kleben Sie ein Stück Autoklaven-Indikatorband auf die Seite jedes Kolbens. Bei Erreichen einer ausreichenden Sterilisationstemperatur verfärbt sich das Band. Ihr TA wird die Medien 20 Minuten lang autoklavieren. Sobald das sterilisierte LB-Medium ausreichend abgekühlt ist, damit Sie den Kolben bequem halten können, verwenden Sie eine sterile Technik, um Kanamycin (kan) und Streptomycin (Strep) (Antibiotika) bis zu einer Endkonzentration von jeweils 50 μg/ml zu der 500-ml-Lösung hinzuzufügen. Die TAs stellen Ihnen eine 50 mg/ml-Vorratslösung Strep und eine 50 mg/ml-Kan-Vorratslösung zur Verfügung. Sie sollten also 500 μl Strep und 500 μl Kan zu den 500 ml LB hinzufügen. Geben Sie keine Antibiotika in die 200-ml-Flasche und schrauben Sie den Verschluss fest, sobald die Lösung vollständig abgekühlt ist.

    Übertragen Sie mit der von Ihrem TA demonstrierten sterilen Technik zwei 6-ml- und ein 10-ml-Aliquot von LB aus der 200-ml-Flasche in drei Zellkulturröhrchen. Morgen werden Sie überprüfen, ob Ihre Röhrchen klar geblieben sind, was darauf hindeutet, dass Sie eine gute sterile Technik verwendet haben. Wenn Ihr Medium trüb wird (außer nach absichtlicher Inokulation), bedeutet dies, dass die Lösung kontaminiert wurde und Sie frisches Medium vorbereiten müssen.

SITZUNG 1B

  1. Impfung von LB/kan mit E coli enthaltend ein Plasmid, das die wt-Abl-Kinasedomäne codiert.

    Stellen Sie sicher, dass Ihr LB-Medium kontaminationsfrei ist, indem Sie überprüfen, ob die Lösungen klar sind. Fügen Sie 6 ul der Kan 50 mg/ml-Stammlösung zu jedem der Kulturröhrchen mit 6 ml LB hinzu, um eine Endkonzentration von 50 ug/ml kan zu erhalten. Übertragen Sie mit einer sterilen Pipettenspitze die Hälfte einer Kolonie von einer frisch transformierten Bakterienplatte (von Ihrem Arzt bereitgestellt) in ein Kulturröhrchen. Sie sollten die gesamte Pipettenspitze in die Lösung fallen lassen. Übertragen Sie mit einer zweiten Pipettenspitze die andere Hälfte der Kolonie in das zweite Röhrchen. Die Kolonien auf der Platte sind DH5-α-E. coli-Zellen, die ideale Bakterienspeicherzellen sind, um einen interessierenden Vektor (in diesem Fall ein Abl(229-511)-kodierendes Plasmid zu halten). Legen Sie die Kulturröhrchen über Nacht in einen 37 ° C Schüttler. In Sitzung 2 isolieren Sie die Plasmid-DNA der Abl-Kinase-Domäne aus den Bakterien, die über Nacht wachsen.

  2. Beimpfung von LB/kan/strep mit E. coli, das Plasmide enthält, die für die H396P-Abl-Kinasedomäne und die Yop-Phosphatase kodieren.

    Fügen Sie 10 ul der 50 mg/ml Kan-Stammlösung und 10 ul der 50 mg/ml Streptokokken-Stammlösung in das Kulturröhrchen mit 10 ml LB hinzu, um eine Endkonzentration von 50 μg/ml jedes Antibiotikums zu erhalten. Übertragen Sie mit einer sterilen Pipettenspitze eine Kolonie H396P Abl(229-511)/Yop-haltige Bakterien von einer Platte (von Ihrem TA bereitgestellt) in das Kulturröhrchen. Die Kolonien auf der Platte werden BL21-DE3-Zellen genannt, eine Zelllinie, die üblicherweise für die Proteinexpression verwendet wird. Legen Sie das Kulturröhrchen über Nacht in einen 37 ° C Schüttler. In Sitzung 2 verwenden Sie diese „Starterkultur“, um Ihre 500-ml-LB-Lösung zu beimpfen, um die Proteine ​​H396P Abl(229-511) und Yop zu exprimieren.


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2.1: Sitzung 1 - Biologie

Hinweis: Spezielle Sitzungsnummer und -zeiten wurden kürzlich aktualisiert

Datum: Sonntag, 20. Juli
Startzeit: 10:45 Uhr - Endzeit: 12:40 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 2: Grenzen der Zellbildgebung: Automatisierte Bildanalyse
Veranstalter: Robert F. Murphy, Ph.D.
Ray und Stephanie Lane Professor für Computerbiologie Direktor,
Lane Center for Computational Biology Direktor,
Gemeinsame Carnegie Mellon University-University of Pittsburgh Ph.D. Programm in Computerbiologie
Carnegie Mellon Universität

Datum: Sonntag, 20. Juli
Startzeit: 14:15 Uhr - Endzeit: 16:10 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 3: Interaktionsnetzwerke und Krankheiten
Veranstalter: Shoshana Wodak, PhD (1) und Gary Bader (2)
1 Professor, Departments Biochemie und Medizinische Genetik,
Universität Toronto, Kanada
Leitender Wissenschaftler, Krankenhaus für kranke Kinder, Toronto
Canada Research Chair in Computational Biology and Bioinformatics
2 Universität Toronto

Datum: Montag, 21. Juli
Startzeit: 10:45 Uhr - Endzeit: 12:40 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 4: Strukturelle Bioinformatik: Das Proteom entschlüsseln
Veranstalter: Igor Jurisica, PhD (1) und Ryan Lilien, PhD (2)
1 Ontario-Krebsinstitut
Toronto Kanada
2 Universität Toronto
Institut für Informatik & Medizin

Datum: Montag, 21. Juli
Startzeit: 14:15 Uhr - Endzeit: 16:10 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 5: Sequenzierung Tausender menschlicher Genome – Perspektiven, Herausforderungen und Analysen
Veranstalter:
Francisco De La Vega (1) und Gabor Marth (2)
1 Applied Biosystems, Foster City, CA, USA
2 Boston College, Boston, MA, USA

Datum: Dienstag, 22. Juli
Startzeit: 10:45 Uhr - Endzeit: 12:40 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 6: Computational Challenges and Opportunities in Host-Pathogen Systems Biology
Veranstalter:
T. M. Murali (1) und Matthew D. Dyer (2,3)
1 Fachbereich Informatik,
2 Programm für Genetik, Bioinformatik und Computerbiologie und
3 Virginia Bioinformatics Institute, Virginia Polytechnic Institute und State University, Blacksburg, VA, USA

Datum: Dienstag, 22. Juli
Startzeit: 14:15 Uhr - Endzeit: 16:10 Uhr
Raum 701A

Sondersitzung 7: Zukunft des wissenschaftlichen Publizierens
Veranstalter:
Scott Markel, PhD
ISCB-Ausschuss für Veröffentlichungen
Kalifornien, USA


Möchten Sie im Ausland in Biologie studieren?

Die Fristen rücken näher!

Jedes Jahr fühlt sich WIT geehrt, Stipendien zu vergeben, die von WIT-Partnern gesponsert werden, um junge Frauen in STEAM zu fördern, an Abiturienten, die das College besuchen, und junge Frauen, die bereits ein STEAM-Hauptfach studieren. Die an die Teilnehmer vergebenen Stipendien ermöglichen es den Empfängern, ihren Traum von einer Karriere bei STEAM zu verwirklichen.

Die Bekanntgabe der Stipendiatinnen und Stipendiaten erfolgt am 25. Juni 2020 bei WIT Connect.


Was steht in den WCAG 2-Dokumenten

WCAG 2.0 und WCAG 2.1 sind stabile, referenzierbare technische Standards. Sie haben 12-13 Richtlinien, die nach 4 Prinzipien organisiert sind: wahrnehmbar, bedienbar, verständlich und robust. Für jede Richtlinie gibt es testbare Erfolgskriterium, die sich auf drei Ebenen befinden: A, AA und AAA.

Eine kurze Zusammenfassung der WCAG 2-Richtlinien finden Sie unter WCAG 2.1 auf einen Blick.

Weitere Informationen zu den Grundsätzen und Richtlinien zur Barrierefreiheit im Web finden Sie unter Zugänglichkeitsprinzipien.

Die WCAG 2 unterstützenden technischen Materialien umfassen:

    ist im Wesentlichen die WCAG 2-Checkliste. Die meisten Leute verwenden diese Kurzreferenzen als Hauptressource für die Arbeit mit WCAG.
  • Techniken für WCAG 2 (2.1 Techniken, 2.0 Techniken) gibt Ihnen spezifische Details zur Entwicklung barrierefreier Webinhalte, wie beispielsweise HTML-Code-Beispiele. Die Techniken sind „informativ“, das heißt, Sie müssen sie nicht anwenden. Grundlage für die Feststellung der Konformität mit WCAG 2 ist die Erfolgskriterium vom WCAG 2-Standard, nicht von den Techniken. Lesen Sie mehr unter Techniken in den FAQ.
  • WCAG 2 verstehen (2.1 Verständnis, 2.0 Verständnis) bietet zusätzliche Anleitungen zum Erlernen und Implementieren von WCAG 2 für Personen, die die Richtlinien und Erfolgskriterien gründlicher verstehen möchten.

Weitere Informationen dazu, wie diese Dokumente zusammenhängen und wie sie verknüpft sind, finden Sie unter WCAG 2 Dokumente.

Übersetzungen

Autorisierte Übersetzungen und inoffizielle Übersetzungen der WCAG 2 sind in WCAG 2 Übersetzungen aufgeführt.

Technisches Dokumentformat

Die Dokumente WCAG, Techniques und Understanding folgen dem W3C-Format für technische Berichte, das am Anfang mehrere Abschnitte enthält, einschließlich Links zu verschiedenen Versionen, Herausgebern, Zusammenfassungen und Status.

Ergänzende Anleitung

Ergänzende Leitlinien bieten zusätzliche Informationen, die über die in WCAG 2 geforderten hinausgehen. „Inhalte für Menschen mit kognitiven und Lernbehinderungen nutzbar machen“ hilft Ihnen, die Zugänglichkeit für Menschen mit kognitiven und Lernbehinderungen zu verbessern. Es wird in Ergänzende Anleitung: Inhalt verwendbar eingeführt.


Computergestützte Systembiologie

Die thermodynamisch motivierte Anreicherungsanalyse (TMEA) ist ein neuer Ansatz zur Analyse der Genset-Anreicherung.

IMLP_Web

Codebasis unseres Webservices zur Vorhersage von iMTS-Ls

codebase und dotnet CLI-Tool zur Vorhersage von iMTS-Ls

Generisches Datenmodell zur Vereinheitlichung verschiedener Reader und Writer für verschiedene Formate, die in der Proteinmassenspektrometrie verwendet werden

BioFSharp

Open-Source-Toolbox für Bioinformatik und Computerbiologie, geschrieben in F#.

BioFSharp.Mz

BioFSharp.Mz - modulare Computational Proteomics

Dynamisches Objekt

F#-Bibliothek, die dynamische Objekte unterstützt, einschließlich der Vererbung im funktionalen Stil

Zugriff auf S3-Speicher von F# über AWS SDK

BIO-HdO-06-L-7

Notebooks, Skripte und Leitfäden für den rechnerischen Teil von VM 1/ VM 2: Praktische Klasse - Molekulare Biotechnologie II (BIO-BTE-06-L-7)

DeedleErweiterungen

BioFSharp.BioDB

Zugriff auf biologische Datenbanken von F#

BioFSharp.Parallel

GPU-parallelisierte Funktionen für BioFSharp

BioFSharp.Vis

Datenvisualisierung für bioinformatische Zwecke, die beispielsweise Venn- und Chord-Diagramme enthält

BioFSharp.ImgP

Bilderkennung und -analyse mit Wavelet-Transformationen

FSharpSpreadsheetML

FSharp-Wrapper für Open XML SDK, der das Lesen und Bearbeiten von Excel-Dateien ermöglicht

Inszenierte-rezepte

Ein Ort, um Conda-Rezepte einzureichen, bevor sie zu vollwertigen Conda-Forge-Rohstoffen werden

Conda-dotnetcore-sdk

Deedle

Einfach zu bedienende .NET-Bibliothek für die Daten- und Zeitreihenbearbeitung und für die wissenschaftliche Programmierung

FSharpML

Bibliothek für die FSharp-freundliche Nutzung des ML.NET-Projekts. Zur Dokumentation besuchen Sie:

CsbGerüst

Basisgerüst für die biologische Datenanalyse mit FSharp

Bibliotheksvorlage

Dotnet neue Vorlage zum Erstellen von Bibliotheksprojekten mit dem von uns verwendeten Werkzeugsatz

CSLog

Der Blog rund um CSB

BioFSharp.Rezepte

Rezepte für verschiedene Arbeitsabläufe in der Computerbiologie mit BioFSharp und seinen verschiedenen Teilprojekten

FSharpAux

Hilfsfunktionen und Datenstrukturen für die Programmiersprache F#

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Grundlagen

Befehlszeilensyntax für dieses Handbuch

Denken Sie daran, dass bei der UNIX/LINUX-Befehlszeile die Groß-/Kleinschreibung beachtet wird!
Das Raute-Zeichen (Pfund) “#” bezeichnet das Ende eines Befehls und den Beginn eines Kommentars.
Die Notation <. > bezieht sich auf Variablen und Dateinamen, die vom Benutzer angegeben werden müssen. Die Symbole < und > müssen ausgeschlossen werden.

Orientierung

Anzeigen und Ändern des aktuellen Arbeitsverzeichnisses:

) wird als Pfad zu Ihrem Home-Verzeichnis interpretiert. Dies geschieht überall auf der Befehlszeile:

Dateiinformationen, Benutzer und Host anzeigen:

Dateien und Verzeichnisse

Kopieren und Einfügen

Die Methoden unterscheiden sich je nach Standort.

Letztes Wort nur mit Tastatur ausschneiden

In einer Nicht-Befehlszeile Desktop Umgebung:

Kopieren Sie Text aus der Befehlszeile und in den Desktop:

Text aus dem einfügen Desktop in die Kommandozeile:

Praktische Verknüpfungen

Überall in der Befehlszeile:

<etwas-Unvollständig> TAB – vervollständigt Programmpfad/Dateiname

Übernehmen der Kontrolle über den Cursor (den Zeiger auf der Befehlszeile):

/” – verweist auf das Home-Verzeichnis des Benutzers&#


Starten Sie den Registrierungseditor. Auswählen Start > Lauf, Typ regedit, und wählen Sie dann OK.

Suchen Sie den folgenden Registrierungsunterschlüssel, und wählen Sie ihn aus:

Rechtsklick Ordner, und wählen Sie dann Ändern.

In dem Messwert Kästchen, löschen Sie die %TEMP% Eintrag, und wählen Sie dann OK. Zum Beispiel:

Wert vor der Bearbeitung:

Wert nach Bearbeitung:

Nachdem Sie diese Konfiguration vorgenommen haben, müssen Sie den Ordner %TEMP% manuell löschen, um zu vermeiden, dass der freie Speicherplatz erschöpft wird.


  • Stellen Sie alle Funktionen von a . zur Verfügung Klaviatur.
  • Geben Sie Benutzern genug Zeit Inhalte zu lesen und zu nutzen.
  • Verwenden Sie keine Inhalte, die verursachen Anfälle oder körperliche Reaktionen.
  • Helfen Sie Benutzern navigieren und Inhalte finden.
  • Machen Sie es einfacher zu bedienen andere eingaben als tastatur.
  • Text erstellen lesbar und verständlich.
  • Lassen Sie Inhalte erscheinen und agieren Sie in vorhersagbar Wege.
  • Helfen Sie Benutzern Fehler vermeiden und korrigieren.

Middlesex Community College

Online oder im Klassenzimmer, am Middlesex Community College können Sie College-Credits verdienen in weniger Zeit - und mehr Geld sparen!

    - 3 Wochen 1. Juni - 18. Juni – 5 Wochen 1. Juni - 1. Juli – 8 Wochen 1. Juni – 28. Juli – 5 Wochen • 13. Juli – 12. August

Am Middlesex Community College ist diesen Sommer für jeden etwas dabei. Melden Sie sich jetzt für einen von vier an Sommersitzungen mit College-Credits, profitieren Sie von MCCs umfangreiches Programm ohne Kredit, oder melden Sie Ihre Kinder für eines der aufregenden MCCs an College für Kinder-Programm. Mit vier verschiedenen Summer Session-Optionen kann MCC Ihnen helfen, College-Punkte zu einem erschwinglichen Preis zu erwerben.

Unsere kleinen Klassen sind perfekt für College-Studenten, die im Sommer zu Hause sind, frischgebackene High-School-Absolventen, aktuelle MCC-Studenten und zurückkehrende Erwachsene.

Aktuelle MCC-Studenten können unsere beschleunigten Sommersemester nutzen, um auf ihrem akademischen Weg weiterzukommen.

Die Sommerkurse des MCC sind perfekt für Erfahrene Studentenheim für den Sommer.

High-school Schüler können auch die Sommerangebote des MCC nutzen

  1. Starten Sie frühzeitig in Ihre Hochschulkarriere
  2. College-Credits verdienen
  3. Sammeln Sie Erfahrungen im College-Unterricht

Bei MCC, Erwachsene Lernende können Bildung in ihr geschäftiges Leben integrieren.

  1. Flexible Zeitplanoptionen ermöglichen es den Schülern, Kurse online oder auf dem Campus zu belegen
  2. Beschleunigte Semester bedeuten weniger Zeit im Unterricht
  3. Verdienen Sie Credits für Vorkenntnisse und beenden Sie Ihr Studium

Nehmen Sie an persönlichen oder beruflichen Weiterbildungskursen mit Community Education and Career Training Program von MCC! Unsere Programme richten sich an Einzelpersonen in allen Lebens- und Karrierephasen. Kurse werden online und auf dem Campus in Bedford und Lowell angeboten.

MCCs College für Kinder Die Programme sind so konzipiert, dass sie Kindern mit Spaß und Herausforderungen die Möglichkeit bieten, Karrieren zu entdecken, neues Wissen zu erwerben, neue Fähigkeiten zu entwickeln und das Selbstvertrauen zu stärken. Camps werden für Kinder im Alter von 8 bis 15 Jahren angeboten und finden vom 9. Juli bis 16. August auf den Campussen Bedford und Lowell statt.


Hinzufügen von Spring Session zu Ihrem Build

Dieses Projekt verwendet eine Maven BOM (Bill of Materials) und a Zug freigeben Versionen zu koordinieren, z.B. Drachenfrucht-SR2 , 2020.0.3 usw.

Verwenden der Stückliste mit Maven

Bei Maven müssen Sie zuerst die Stückliste importieren:

In diesem Beispiel wird 2020.0.3 verwendet, aber Sie stecken die benötigte Release Train-Version ein.

Beachten Sie die Verwendung des Abschnitts <dependencyManagement> und des Importbereichs.

Fügen Sie als Nächstes Ihre Abhängigkeiten ohne <version> zum Projekt hinzu:

Verwenden der Stückliste mit Gradle

Da Gradle keine erstklassige Unterstützung für Maven-Stücklisten bietet, können Sie das Dependency-Management-Plugin von Spring’ verwenden.

Wenden Sie das Plugin vom Gradle Plugin-Portal an (aktualisieren Sie die Version bei Bedarf):

Verwenden Sie es dann, um die Stückliste zu importieren:

Schließlich fügen Sie dem Projekt ohne Version eine Abhängigkeit hinzu:


Schau das Video: Basiskonzepte der Biologie - eine Übersicht - 15 Punkte im Biologie Abitur - so gehts (August 2022).