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Wie werden diese Zeichenfolgen verwendet, um Tiere zu beschreiben?

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Was ist beispielsweise ein $dt^{sz}$-Hamster? (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1144494/).

Was ist eine Rgs9-Cre/+;gtROSA/+ Maus? (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2212877813000719)


Diese beschreiben den Genotyp eines Tieres (oder Pflanze, Virus etc.).

Die Nomenklatur kann sehr unterschiedlich und domänenspezifisch sein, aber für diese beiden Beispiele:

$dt^{sz}$ ist ein syrisches Goldhamster-Modell mit einer spontanen Mutation (d. h. während der Zucht ohne spezifische menschliche Eingriffe aufgetreten), die eine Prädisposition für Anfälle verursacht.
Sie werden in diesem Papier beschrieben:

Spontane Anfälle: eine neue Mutation bei syrischen Goldhamstern. - Yoon et al. - J Hered 1976

Spontane motorische Anfälle mit tonischen Muskelkrämpfen und schweren paralytischen Zuständen wurden bei der Inzuchtlinie BIO® 86.93 von Syrischen Hamstern (Mesocricetus auratus auratus) beobachtet. Diese Tiere waren seit 23 Generationen Inzucht und wurden von Bio-Research Consultants gepflegt. Die Anfälle, die 2 bis 5 Stunden dauern, können durch leichten Stress ausgelöst werden und treten bei Tieren im Alter zwischen 30 und 60 Tagen auf. Zuchtversuche haben gezeigt, dass die Krankheit einfach rezessiv vererbt wird; dementsprechend wird für diese Bedingung das Gensymbol sz vorgeschlagen.

Der Kleinbuchstabe zeigt an, dass die Mutation rezessiv ist, dh Sie benötigen zwei Kopien der Mutation, um ihre Wirkung (ihren Phänotyp) zu sehen.

dt kommt von Dystopie, einem weiteren Symptom der Mutation.

Bei Rgs9-Cre/+;gtROSA/+ Maus ist der Genotyp etwas komplexer.

Wenn Sie /+ sehen, bedeutet dies, dass das Tier heterozygot ist, dh es trägt nur eine Kopie dieses spezifischen Gens.

Dies sind beispielsweise transgene Tiere, die das bakterielle Protein Cre unter dem Rgs9-Promotor produzieren. Ein Promotor ist eine DNA-Sequenz, die die Expression eines bestimmten Gens kontrolliert. In diesem Fall wurde die DNA-Sequenz für den Promotor des Gens Rgs9 an die DNA-Sequenz für Cre angehängt. Dieses neue Konstrukt wurde dann in das Genom der Maus eingefügt. Das Ergebnis ist eine Maus, in der die Zellen, die normalerweise das Rgs9-Gen transkribieren, auch Cre produzieren.

Diese Mauslinie wurde dann mit einer Reporter-Mauslinie namens gtROSA26 gekreuzt, die ein bestimmtes Protein namens $eta$-Galactosidase in Cre-abhängiger Weise exprimiert.

Das Gen für die Galactosidase ist in allen Zellen vorhanden, aber nur dort, wo Cre vorhanden ist (in unserem Fall die Rgs9-positiven Zellen), wird es transkribiert. Schließlich führt die Kreuzung zur Expression von $eta$-Galactosidase in Rgs9-positiven Zellen. $eta$-Galactosidase hat die schöne Eigenschaft, dass sie die Farbe bestimmter Chemikalien in Blau ändern kann, wodurch die Zellen, die sie produzieren, leicht sichtbar gemacht werden können. Dies kann Ihnen helfen, Fragen zu beantworten wie: "Wo wird das Rgs9-Gen transkribiert?".

Wikipedia hat eine ordentliche Seite zur Gennomenklatur mit vielen Links zu Nomenklaturrichtlinien.


Diese Strings sind spezifische Genotypen dieser Tiere. Sie bezeichnen oft Mutationen oder Transgene. Beim Hamster steht $dt^{sz}$ für dystopisch, das sz kommt aus der ersten Bezeichnung dieses Symptoms als Anfall. Eine kurze Erklärung finden Sie hier.

Für die Maus haben Sie beide Allele benannt: Rgs9-cre ist ein Transgen, + steht in diesem Zusammenhang immer für den Wildtyp. Diese Maus hat also ein Allel des Transgens Rgs9-cre, während das andere Allel dafür Wildtyp ist. Transgenkonstrukte mit der cre-Rekombinase können bei Induktion in das Genom eingefügt werden, was ein nützliches Werkzeug zur Modifikation von Genen ist. Dies muss bei Mäusen durchgeführt werden, die das gtROSA-Transgen enthalten, das einen spezifischen genetischen Hintergrund für die Mäuse bezeichnet. Siehe hier für weitere Details:

  • "Promoterfallen in embryonalen Stammzellen: ein genetischer Screen zur Identifizierung und Mutation von Entwicklungsgenen bei Mäusen."
  • Identifizierung und Targeting des ROSA26-Locus in humanen embryonalen Stammzellen.