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Während Peptidbindungen normalerweise die trans Konformation können Peptidbindungen an Prolin in beiden vorliegen cis oder trans Konformation. Die Isomerisierung zwischen cis und trans ist langsam und hat sich als geschwindigkeitsbestimmender Schritt bei der Faltung bestimmter Proteine erwiesen.
Mit welchen Methoden kann die Konformation eines bestimmten Prolins in einem Protein bestimmt werden?
Sarkar et al. (2007) Prolin-cis-trans-Isomerisierung kontrolliert die Autohemmung eines Signalproteins. Molekulare Zelle 25, 413-426 (DOI 10.1016/j.molcel.2007.01.004), hier verfügbar.
Die Autoren berichten über die Interaktionen zwischen zwei SH3-Domänen des Crk-Adapterproteins. Grundsätzlich stellen sie fest, dass der Linker, der diese beiden Domänen verbindet, ein Prolin enthält, das zwischen den cis und trans Konformationen, und dass diese gegenseitige Umwandlung die Wechselwirkung zwischen den beiden Domänen bestimmt. Sie verfolgen die Isomerisierung unter Verwendung von NMR.
Cis-trans Die Peptidyl-Prolyl-Isomerisierung ist eine subtile Änderung, und ich glaube nicht, dass Sie einen einfacheren Weg finden werden, sie in einem bestimmten Protein zu verfolgen.
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