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Herunterladen eines Referenzgenoms zum Alignment

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Ich arbeite gerade das Codebeispiel auf der MATLAB-Website durch. Dazu muss ich das Referenzgenom von Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand) herunterladen, damit ich BowTie2 verwenden kann, um die Chip-Seq-Experimentdaten abzugleichen. Ich brauche es in einer .fa-Datei.

Da ich damit noch sehr, sehr neu bin, welche Datenbank kann ich verwenden, um dieses Referenzgenom herunterzuladen? Wie suche ich nach so etwas? Vielen Dank

EDIT: sprach zu früh. Ich denke, die NCBI-Website hat es für mich getan. Unter demRepräsentativ -> ReferenzgenomSektion. Ist das richtig?

EDIT2: Die Antwort war auch auf der MATLAB-Seite. Die Bioinformatik-Toolbox bietet eine Funktion:

% getgenbank('NC_003070','FileFormat','fasta','tofile','ach1.fasta'); % getgenbank('NC_003071','FileFormat','fasta','tofile','ach2.fasta'); % getgenbank('NC_003074','FileFormat','fasta','tofile','ach3.fasta'); % getgenbank('NC_003075','FileFormat','fasta','tofile','ach4.fasta'); % getgenbank('NC_003076','FileFormat','fasta','tofile','ach5.fasta');

Da Sie Bowtie verwenden, möchten Sie das indizierte Genom, prüfen Sie, ob es hier nicht verfügbar ist, anstatt die Fasta herunterzuladen und selbst zu indizieren.

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.ilmn


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