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Ressourcen aller bekannten biochemischen Wege?

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Ich suche nach einer Enzyklopädie oder einem biochemischen Pathway-Atlas aller bekannten oder berichteten Pathways. Ich interessiere mich sehr für Netzwerk- und Systembiologie. Auch die Referenzen können offene Datenbanken, Bücher oder was auch immer sein. Ich habe von einer Site namens wikipathways erfahren, aber sie öffnet sich nicht für mich.


Biochemische Wege finden Sie zum Beispiel auf dem KEGG-Weg.

KEGG PATHWAY ist eine Sammlung von manuell gezeichneten Pfadkarten, die unser Wissen über die molekularen Interaktions- und Reaktionsnetzwerke repräsentieren für: 1. Metabolismus Global/Übersicht Kohlenhydrat Energie Lipid Nukleotid Aminosäure Anderes Amino Glykan Cofaktor/Vitamin Terpenoid/PK Andere Sekundärmetabolite Xenobiotika Chemische Struktur 2 Genetische Informationsverarbeitung 3. Umweltinformationsverarbeitung 4. Zelluläre Prozesse 5. Organische Systeme 6. Menschliche Krankheiten und auch zu den Strukturbeziehungen (KEGG-Wirkstoffstrukturkarten) in: 7. Wirkstoffentwicklung

Um die dort zu findenden Informationen zu veranschaulichen, hier ein Screenshot:

Wenn Sie auf den Kegg-Atlas klicken, erhalten Sie einen Atlas mit allen Stoffwechselwegen. Sie können ins Detail zoomen und für weitere Links anklicken.

Wenn Sie beispielsweise auf Glykolyse oder oxidative Phosphorylierung klicken, gelangen Sie auf die folgende Seite (siehe Bild). In diesen detaillierten Schemata des Stoffwechselwegs kann jedes Zwischenprodukt angeklickt werden, was zu einer detaillierteren Seite führt.


Ein Online-Lehrbuch zur Pathway-Analyse: Workflows bieten Schritt-für-Schritt-Anleitungen zu Pathway-Analyse-Primern für tiefere Einblicke in Konzepte.

Online-Lehrbuch zur Pfadanalyse.

Daten, die in einer Vielzahl von Formaten aufbereitet werden, einschließlich Biologischer Pathway-Austausch (BioPAX), Simple Interaction Format (sif) und als Gene Set Database (gmt). Verfügbar pro Datenquelle.

Daten in verschiedenen Formaten aufbereitet.

'Durchsuchen' die BioPAX-Datenbank mit Volltext 'Get' ein Objekt nach URI verwenden 'Graph', um Verbindungen und Nachbarschaften von Elementen zu identifizieren Verwenden Sie 'Traverse' für XPath-ähnlichen Zugriff auf die Datenbank.

Daten in verschiedenen Formaten aufbereitet.

Führen Sie schnelle Nachbarschafts-, Common-Stream- usw. graph-theoretische Abfragen auf (abgeleitet aus dem BioPAX-Modell) unseres einfachen Genprodukte- und Chemikalien-Binärinteraktionsnetzwerks (unter Verwendung von HGNC-Symbolen und ChEBI-IDs) durch.

Daten im Textformat (erweitertes SIF).


Hintergrund

Protozoen-Parasiten umfassen eine stark unterschiedliche Gruppe von Eukaryoten, die eine Reihe von schwächenden Krankheiten beim Menschen verursachen, darunter Malaria, Leishmaniose, Afrikanische Schlafkrankheit und Chagas-Krankheit. Leishmanien spp. sind von Sandfliegen übertragene Protozoen-Parasiten (Familie Trypanosomatidae) und sind der ätiologische Erreger der Leishmaniose. Leishmaniose bezieht sich auf ein Spektrum von Krankheiten, das von selbstheilenden Hautläsionen bis hin zu schwächenden mukokutanen und tödlichen viszeralen Infektionen reicht. Es wird geschätzt, dass mehr als 12 Millionen Menschen an aktiver Leishmaniose leiden und 350 Millionen Menschen gefährdet sind Leishmanien die wichtigste parasitäre Erkrankung nach Malaria (Weltgesundheitsorganisation). Es gibt keine Impfstoffe gegen Leishmaniose. Hohe Toxizität und Kosten der derzeitigen Behandlungen und das Aufkommen von arzneimittelresistenten Parasitenstämmen weisen auf den dringenden Bedarf an neuen Wirkstoffzielen hin.

Ein detailliertes Verständnis von Leishmanien Metabolismus würde neue Wege für die Entwicklung neuer Medikamente eröffnen und auch zu einem besseren Verständnis der Anpassung dieser Parasiten an die Nährstoffumgebungen in den Wirten der Sandmücke und der Säugetiere führen. Zum Beispiel erhalten die begeißelten Promastigotenstadien des Parasiten, die sich im Verdauungstrakt des Sandmückenvektors entwickeln, Nährstoffe aus dem zuckerreichen Blutmehl und den Pflanzensäften, von denen sich die Sandmücke ernährt [1]. Im Gegensatz dazu entwickeln sich die infektiösen Amastigotenstadien von Säugetieren in der zuckerarmen Umgebung des Phagolysosoms von Makrophagen und einigen anderen phagozytischen Zellen und können eine Vielzahl anderer Kohlenstoffquellen nutzen [2, 3]. Die jüngste Sequenzierung der Genome von drei Leishmanien Spezies (L. major, L. infantum, L. braziliensis) lieferte die ersten Blaupausen des metabolischen Potenzials dieser Parasiten [4–6]. Kürzlich wurde ein systemischer Ansatz verwendet, um ein metabolisches Netzwerk für die L. major Friedlin-Stamm und machen Vorhersagen über essentielle Gene und die Robustheit von Signalwegen [7]. Mehr als 65 % der proteinkodierenden Sequenzen in der Leishmanien Genom kann aufgrund von Homologiesuchen noch keine Funktion zugewiesen werden, und daher ist es wahrscheinlich, dass in silico Modelle müssen wesentlich verbessert werden, da neue Stoffwechselwege identifiziert werden.

Die wichtigste Datenbank für Leishmanien Genomdaten sind die Genom-Ressource GeneDB, die vom Sanger Institute [8-10] eingerichtet wurde und in Kürze über die Eukaryotic Pathogens Database Resource (EuPathDB) zugänglich sein wird. GeneDB wurde ursprünglich entwickelt, um genomische Daten für T. brucei, L. major, und S. pombe, und wurde später um kuratierte Daten für eine Reihe anderer Organismen erweitert, darunter Bakterien, Pilze und Protozoen [9, 10]. GeneDB ermöglicht das Auffinden von Genen, Vorhersagen von Proteinmerkmalen und die Suche in kundenspezifischen Datenbanken und Datenbanken für Proteindomänen/Familien. Es bietet eine Reihe nützlicher Werkzeuge zum Abfragen genomischer Daten, darunter Klartextsuchen, BLAST-Suchen, durch reguläre Ausdrücke aktivierte Motivsuchen und AmiGO-Browsing von Genen [10]. Obwohl GeneDB eine wichtige Ressource für die Leishmanien Gemeinschaft, es integriert keine Genomdaten in biochemische Netzwerke [8–10]. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) integriert genomische, chemische und funktionelle Informationen für eine Reihe von Organismen [11, 12]. Release 48.0 von KEGG enthält 91.648 Referenzpfade und genomische Informationen von 100 Eukaryoten, 709 Bakterien und 52 Archaeen. Während dieser Top-Down-Ansatz die Integration aller verfügbaren Informationen und die einfache visuelle Inspektion von Signalwegen in verschiedenen Organismen erleichtert, bedeutet die fehlende Spezialisierung auf Organismen oft, dass spezifische Informationen für obskurere Organismen nicht leicht zugänglich sind und in einigen Fällen nicht enthalten sind. Einen anderen Ansatz verfolgt das BioCyc-Projekt [13], das auf der Ontologie basiert, die entwickelt wurde, um biologische Funktionen auf zellulärer und molekularer Ebene zu beschreiben [14]. Im Gegensatz zum zentralisierten Ansatz der KEGG-Datenbank sind die BioCyc-Datenbanken stark verteilt. Das BioCyc-Projekt besteht aus MetaCyc (einer Referenzdatenbank für Stoffwechselwege [15-18]) und einer Reihe von Organismen-spezifischen Datenbanken, die Gene, Genprodukte, Metaboliten, ihre Beziehungen und ihre Organisation in Stoffwechselwegen beschreiben [13]. MetaCyc enthält experimentell aufgeklärte Stoffwechselwege verschiedener Organismen [17, 18]. Eine Reihe von organismenspezifischen BioCyc-Datenbanken sind in aktiver Entwicklung und Pflege [16, 19–24].

In dieser Arbeit berichten wir über die Entwicklung und Anwendung von LeishCyc, der Pathway-/Genomdatenbank für L. major basierend auf der BioCyc-Ontologie. Der ursprüngliche Build von LeishCyc basierte auf der Genomsequenz von L. major [4] und die Genom-Annotation des Wellcome Trust Sanger Institute. Anschließend wurde LeishCyc basierend auf Literaturrecherchen und unseren eigenen experimentellen und bioinformatischen Studien kuratiert. Dies beinhaltete: (ein) Annotation und Zuordnung zusätzlicher Enzyme (B) Prüfen, Löschen, Erstellen und Modifizieren vorhandener Reaktionen und Pfade und (C) Zuordnung von Evidenzcodes und Literaturzitaten.


Buchrezension - Biochemische Pathways: Ein Atlas der Biochemie und Molekularbiologie. Zweite Ausgabe

Die zweite Ausgabe von Biochemische Wege – Ein Atlas der Biochemie und Molekularbiologie ist endlich verfügbar – Prof. Sang Yup Lee (KAIST und Co-Chefredakteur von Biotechnologie-Journal) rezensiert das lang erwartete und mit Spannung erwartete Buch.

Biochemische Pathways: Ein Atlas der Biochemie und Molekularbiologie. Zweite Auflage von Gerhard Michal und Dietmar Schomburg (Hrsg.), Wiley, 2012, 416 Seiten. ISBN: 978-0-470-14684-2

Dr. Sang Yup Lee [email protected]*, * Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)

In meinem Labor, in dem ich seit 18 Jahren am Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST) am Metabolic Engineering von Mikroorganismen arbeite, dient das derzeit von Roche Diagnostics vertriebene „Biochemical Pathways Wall Chart“ als Plattform für alltägliche Referenzen und Diskussionen zwischen den Gruppenmitglieder, darunter Studenten, Postdocs und ich. Im Jahr 1999, als ich mein Labor vergrößerte, um an In-silico-Modellierung und -Simulation für Metabolic Engineering auf Genomskala zu arbeiten, entstand die erste Ausgabe dieses Buches Biochemische Wege wurde veröffentlicht. Dieses Buch, das dank seines kompakten Formats nicht zu gruselig zu lesen ist, war eine großartige Lektüre für die angehenden Doktoranden der Fakultät für Biologie und Chemieingenieurwesen.

Die Biochemie des Stoffwechsels und der Stoffwechselwege hat sich in den letzten zehn Jahren so schnell weiterentwickelt, und so sind die Informationen und das Wissen, die in der ersten Auflage schön präsentiert wurden, in den letzten Jahren unweigerlich veraltet. Die zweite Ausgabe von Biochemische Wege wurde gerade zur richtigen Zeit veröffentlicht. Die Herausgeber und die mitwirkenden Autoren haben so gute Arbeit geleistet, indem sie nicht nur die neuen Informationen, sondern auch die Diagramme der Stoffwechselwege aktualisiert haben, was eine enorme Arbeit gewesen sein muss.

Die zweite Auflage von „Biochemical Pathways“ ist gerade zum richtigen Zeitpunkt erschienen.

Das Buch beginnt mit zwei Kapiteln zu allgemeinen biochemischen Hintergründen und Zellen und zellulären Inhalten, die für Studenten aller Fachrichtungen eine gute Wiederholung sein werden. Kapitel 3 ist das WESENTLICHE dieses Buches, das den detaillierten und aktualisierten Stoffwechsel, Stoffwechselwege, Metaboliten und Enzyme behandelt. Das Kapitel behandelt detaillierte metabolische und einige regulatorische Aspekte von Submetabolismen zum Kohlenhydratstoffwechsel und Zitronensäurezyklus, Aminosäurestoffwechsel, Tetrapyrrole, Lipide und Glykolipide, Steroide und Isoprenoide, Cofaktoren und Vitamine, Nukleinsäurestoffwechsel in Bakterien und Eukaryoten, spezieller Bakterienstoffwechsel einschließlich antimikrobieller Mittel, Elektronentransferreaktionen und oxidativer Phosphorylierung, Photosynthese und sekundärer Pflanzenstoffwechsel. Da diese Submetabolismen ohne andere zelluläre Biosynthesemaschinen nicht untersucht werden können, widmet sich Kapitel 4 der Proteinbiosynthese, -modifikation und -abbau. Beginnend mit der Proteinbiosynthese in Bakterien und Eukaryoten werden verwandte Themen wie Zellzyklus, posttranslationale Modifikation und Proteinfaltung, Transport/Targeting und Abbau behandelt. Kapitel 5 ist etwas fehl am Platz, da es Viren behandelt. Obwohl sehr schön geschrieben, hätte es besser sein können, wenn das Kapitel am Ende des Buches zum Nachdenken angesetzt wurde, jedoch muss dieses Buch nicht unbedingt der Reihe nach gelesen werden. Kapitel 6 behandelt den Transport von Molekülen. Es beginnt mit allgemeinen Transportmechanismen und beteiligten Komponenten, gefolgt vom Transport von Lipiden im Plasma und dem Sauerstofftransport durch Hämoglobin. Kapitel 7 behandelt die Signalübertragung und die zelluläre Kommunikation. Das eher kurze Kapitel konnte offensichtlich nicht alle Aspekte der Signalübertragung und -kommunikation abdecken, fasst jedoch wichtige Themen der interzellulären Signalübertragung, Nervenleitung und synaptischen Übertragung, intrazellulärer Kommunikation, Tyrosinkinase-System, Apoptose, Steroid- und Schilddrüsenhormonrezeptoren gut zusammen und zyklische GMP-abhängige Wege. Kapitel 8 befasst sich mit dem Immunsystem, das den allgemeinen Hintergrund des Immunsystems behandelt, einschließlich der Erzeugung von Immunantworten, pathologischen Immunantworten und der Adhäsion von Leukozyten. Kapitel 9 befasst sich mit Blutgerinnung und Fibrinolyse, das Themen wie Hämostase, Gerinnungsfortpflanzung und -kontrolle, Thrombozyten und Fibrinolyse umfasst. Das letzte Kapitel behandelt die Systembiologie und biologische Netzwerke, die Modellierung von Stoffwechselflüssen und Ressourcen für biochemische Stoffwechselwege und damit verbundene Informationen.

. eine beiliegende CD/DVD und ein ausführlicheres Kapitel zur Systembiologie wären hilfreich gewesen.

Obwohl ich mit diesem schön geschriebenen Buch zufrieden bin, habe ich, wenn ich darf, zwei Verbesserungsvorschläge für die Herausgeber/Autoren. Erstens wäre es sehr nützlich, wenn es eine begleitende CD/DVD mit allen Stoffwechseldiagrammen/-pfaden gibt, damit sie im Unterricht verwendet werden können. Zweitens ist das letzte Kapitel über Systembiologie und Stoffwechselflussanalyse heute von großer Bedeutung, aber eher kurz. Obwohl ich verstehe, dass es nicht zu umfangreich sein kann, wäre eine detailliertere Darstellung der Themen wünschenswert gewesen. Insgesamt erfüllt diese lang erwartete zweite Ausgabe meine Erwartungen perfekt. Dieses Buch wird als hervorragendes Begleitbuch zu den Standardkursen in Biochemie und Metabolic Engineering sowohl im Grundstudium als auch im Aufbaustudium dienen. Außerdem wird es eine großartige Referenz in jedem Labor sein, das in den Bereichen aller biologischen Disziplinen, biochemischer Technik und metabolischer Technik arbeitet. Bevor ich schließe, möchte ich den Herausgebern und mitwirkenden Autoren dieser zweiten Auflage danken, dass sie so großartige Arbeit geleistet haben, um eine enorme Menge an Wissen und Informationen umfassend und leicht verständlich zu beschreiben. Zwei Daumen hoch!

Distinguished Professor Department of Chemical and Biomolecular Engineering Dekan, College of Life Science and Bioengineering Leiter, Metabolic Engineering National Research Laboratory Director, BioProcess Engineering Research Center Director, Bioinformatics Research Center Director, Center for Systems and Synthetic Biotechnology Co-Director, Institute for the BioCentury Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)

Über die Buchredaktionen

DR. Dietmar Schomburg ist Professor am Institut für Biochemie der Universität zu Köln in Köln. 1974 erhielt er sein Diplom in Chemie, seinen Ph.D. in Chemie 1976 und habilitierte sich 1985 für Strukturchemie an der Carolo-Wilhelmina in Braunschweig. Seine Forschungsinteressen umfassen Proteinstruktur und -funktion, strukturelle Biochemie, Bioinformatik und Enzyminformations-/metabolische Netzwerke. Er ist auch bekannt für die Gründung von BRENDA, der Hauptquelle für Enzymklassifizierungsdaten, die der Gemeinschaft zur Verfügung stehen.

DR. Gerhard Michal ist bei der Boehringer Mannheim GmbH im Ruhestand und bekannt für die Zusammenstellung der originalen „Biochemical Pathways“-Wandtafel, die fast jedes Labor und Büro von Biochemikern weltweit schmückt.


OFFENBART: Die biochemischen Wege von Nierenerkrankungen


Laut PKD International sind 12,5 Millionen Menschen von polyzystischer Nierenerkrankung betroffen. Es ist kein Heilmittel bekannt. Aber das könnte sich eines Tages ändern, auch dank neuer Forschungen eines Concordia-Biologieforschers.

In einer kürzlich in . veröffentlichten Studie PLOS Genetik, entwickelten Chiara Gamberi und ihre Co-Autoren ein innovatives Modell auf der Grundlage von Fruchtfliegen, das die Arten von schädlichen Zysten beschreibt, die sich auf den Nieren bilden können. Das Modell hat ein enormes Potenzial, um die Untersuchung der Zellproliferation bei polyzystischen Nierenerkrankungen und Krebs zu unterstützen.

Aber was haben Fruchtfliegen damit zu tun?

„Die Genome von Mensch und Fliegen weisen eine überraschende Ähnlichkeit auf. Tatsächlich sind Genbeziehungen oder genetische Pfade zwischen Menschen und Fruchtfliegen praktisch identisch“, erklärt Gamberi, der angegliederte Assistenzprofessorin für Biologie und Teilzeitmitglied der Fakultät für Kunst und Naturwissenschaften der Concordia ist.

„Die meisten menschlichen Organe haben Fliegen-Gegenstücke. Das ist ein großer Vorteil, den wir nutzen können, um die Funktionen krankheitsassoziierter Gene zu untersuchen und auch mögliche Methoden zur Bekämpfung dieser Krankheiten zu identifizieren.“

Nieren sind aufgrund der Schwierigkeiten bei der Isolierung der Nephrone besonders schwierig zu untersuchen – winzige Röhren in der Niere, die Substanzen aus Körperflüssigkeiten filtern. Das Fruchtfliegen-Äquivalent, so klein es auch ist, fungiert als effektiver Ersatz mit dem zusätzlichen Vorteil, dass Forscher aufgrund der kurzen Lebensdauer der Fruchtfliege genetische und chemische Einflüsse schnell beurteilen können.

Gamberi und ihre Koautoren berichteten über das erste Beispiel von Nierenzysten bei der Fruchtfliegenart Drosophila melanogaster.

Durch einen interdisziplinären Ansatz, der genetische Analysen, Molekularbiologie, Mikrodissektion und Wirkstoff-Screening umfasste, haben sie damit begonnen, die biochemischen Wege zu entschlüsseln, durch die sich Nierenzysten bilden. Sie haben auch Screening-Methoden etabliert, um Wirkstoffkandidaten zu identifizieren. Die Ergebnisse werden Medizinern helfen, neue Behandlungsziele und -methoden für bestimmte Nierenerkrankungen und Krebsarten zu identifizieren.

„Unsere Ergebnisse validieren und veranlassen die weitere Verwendung dieses ersten Fliegenmodells der Nierenzystenbildung, um die molekularen und zellulären Mechanismen zu bestimmen“, sagt Gamberi.

„Ich hoffe, dass unsere Studien dazu beitragen werden, die genauen zellulären und molekularen Defekte zu definieren, die der Bildung von Nierenzysten zugrunde liegen“, fügt sie hinzu.

„Dies wird auch einen besseren Einblick in Krankheiten wie Krebs geben, bei denen sich bestimmte Zelltypen vermehren. Letztendlich wird dies helfen, Targets und Medikamente für therapeutische Interventionen auszuwählen, die darauf abzielen, die Zystenbildung zu reduzieren und die Nephronfunktion wiederherzustellen.“

Partner in der Forschung: Chiara Gamberi erhielt zwei aufeinanderfolgende Stipendien vom Professional Development Fund der Concordia University Part-Time Faculty Association, um ihre Forschung zur Verwendung von Fruchtfliegen zur Identifizierung neuer Behandlungsmethoden für polyzystische Nierenerkrankung zu unterstützen.


Wir suchen aktiv nach Kooperationen mit anderen Datenressourcen und Benutzern, um die Datenintegration zu verbessern, Bemühungen zu teilen und unsere Daten für Biologen und Bioinformatiker maximal nützlich zu machen. Hier ist eine Liste von Softwaretools, Websites, Datenbanken und Forschungsprojekten, die: i) die Verwendung von Reactome-Daten unterstützen, ii) Reactome-Daten integriert haben oder iii) Datenverknüpfungen zur Reactome-Website bereitstellen.

Sollten wir Ihre Website, Datenbank, Software und Projekt vermissen, wenden Sie sich bitte an unsere Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! JavaScript muss aktiviert werden, damit sie angezeigt werden kann. .

ABACUS ist ein Algorithmus, der auf einer kumulativen BivAriaten-Statistik basiert, um Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) zu identifizieren, die signifikant mit einer Krankheit in vordefinierten Sätzen von SNPs wie Signalwegen oder genomischen Regionen assoziiert sind

AbsIDconvert ist ein absoluter Ansatz zur Konvertierung genetischer Identifikatoren mit unterschiedlichen Granularitäten

ADaCGH ist eine parallelisierte webbasierte Anwendung und ein R-Paket zur Analyse von aCGH-Daten

AgBase ist eine funktionelle Genomik-Ressource für die Landwirtschaft

Funktionales Anmerkungstool für Algen

Algal Functional Annotation Tool ist eine webbasierte Analysesuite zur funktionalen Interpretation großer Genlisten mithilfe integrierter Annotations- und Expressionsdaten

AltAnalyze ist eine Plattform zur Analyse und Visualisierung von Exon-Expressionsdaten

AMMO-Prot ist ein 3D-Modellfinder für Aminsystemprojekte

Annotate-it ist ein Schweizer-Messer-Ansatz zur Annotation, Analyse und Interpretation einzelner Nukleotidvariationen bei menschlichen Krankheiten

Arabidopsis Reactome ist eine kuratierte Wissensdatenbank über pflanzenbiologische Stoffwechselwege, die viele vom John Innes Center-Team kuratierte Pflanzenwege sowie aus AraCyc und KEGG importierte Pflanzenwege enthält

ARACne ist ein Algorithmus zur Rekonstruktion von Gen-Regulationsnetzwerken im zellulären Kontext von Säugetieren

Asterias umfasst Anwendungen zur Analyse genomischer und proteomischer Daten, die von der Datennormalisierung bis zur Entwicklung von Vorhersagemodellen für Überlebensdaten reichen

atBioNet ist ein integriertes Netzwerkanalysetool für die Genomik und die Entdeckung von Biomarkern

Atlas der Genetik und Zytogenetik in der Onkologie und Hämatologie

Der Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Hematology ist ein von Experten begutachtetes Online-Journal und eine Datenbank mit freiem Zugang im Internet, die sich mit Genen, Zytogenetik und klinischen Entitäten bei Krebs und zu Krebs neigenden Krankheiten befasst

Eine evidenzbasierte Wissensdatenbank zur Autismus-Genetik

Babelomics ist eine komplette Suite von Webtools für die Analyse, Integration und Interpretation verschiedener Arten von Genomdaten

Eine Computermethode zur Identifizierung signifikanter Pfade aus Microarray-Daten mit Proben aus Test- und Kontrollklassen

BcCluster ist eine Blasenkrebsdatenbank auf molekularer Ebene

Die biologische Connection Markup Language ist ein SBGN-kompatibles Format zur Visualisierung, Filterung und Analyse von biologischen Pfaden

Biologische Interaktionen und Netzwerkanalyse (BIANCA) ist ein Software-Framework zur Erfassung biologischer Interaktionen und Analyse von Netzwerken

Eine öffentliche, über das Internet zugängliche Datenbank mit gemessenen Bindungsaffinitäten, die sich hauptsächlich auf die Interaktionen von Proteinen konzentriert, die als Wirkstoff-Targets gelten, mit kleinen, wirkstoffähnlichen Molekülen

Biological Network Manager ist ein Cytoscape-Plug-in, das entwickelt wurde, um die Manipulation von biologischen Netzwerken zu erleichtern, die in systembiologischen Standardformaten (SBML, SBGN, BioPAX) dargestellt werden.

Automatisierte Extraktion biologischer Beziehungen aus der Literatur, was zu einem Satz von (Komponente1, Reaktion, Komponente2) Tripletts führt und eine visualisierbare Graphenstruktur zusammensetzt, verglichen mit der manuell erstellten Topologie und von den Experten untersucht

BioBin ist ein Bioinformatik-Tool zur Automatisierung des Binnings seltener Varianten unter Verwendung von öffentlich zugänglichem biologischem Wissen

BioDB ist ein ontologiegestütztes Informationssystem für heterogene biologische Informationen

BioDWH ist ein Data Warehouse Kit für die Life Science Datenintegration

Biofilter ist ein Wissensintegrationssystem für die Multi-Locus-Analyse genomweiter Assoziationsstudien

Eine einzige Schnittstelle für den Zugriff auf mehrere öffentlich verfügbare humangenetische Datenquellen, die in der unterstützenden Datenbank der Library of Knowledge Integration (LOKI) zusammengestellt wurden.

BioGPS ist ein kostenlos erweiterbares und anpassbares Gen-Annotationsportal, eine vollständige Ressource zum Erlernen der Gen- und Proteinfunktion

Die Datenbank „Biological General Repository for Interaction Datasets“ (BioGRID) wurde entwickelt, um Sammlungen von Protein- und genetischen Interaktionen von wichtigen Modellorganismenarten aufzunehmen und zu verteilen

BioHealthBase Bioinformatics Resource Center (BRC) ist eine öffentliche Bioinformatik-Datenbank und Analyseressource für die Untersuchung von spezifischen Bioverteidigungs- und Gesundheitspathogenen – Influenzavirus, Francisella tularensis, Mycobacterium tuberculosis, Microsporidia-Arten und Ricin-Toxin

BioJS ist ein Open-Source-Standard für die biologische Visualisierung

Datenintegration und netzwerkbasierte Forschungsumgebung mit Tools zur Inferenz und Analyse von Genregulationsmodulen

BioMart ermöglicht Wissenschaftlern die erweiterte Abfrage biologischer Datenquellen über eine einzige Webschnittstelle

BioMOBY ist ein Open-Source-Forschungsprojekt, das darauf abzielt, eine Architektur für die Entdeckung und Verbreitung biologischer Daten über Webdienste zu generieren

BioModels Database ist eine Datenquelle, die es Biologen ermöglicht, veröffentlichte mathematische Modelle biologischer Interessen zu speichern, zu durchsuchen und abzurufen

BioMyn ist eine integrierte Wissensdatenbank für menschliche Gene und Proteine

Biological Pathway Exchange (BioPAX) ist ein RDF/OWL-basierter Standard für den Austausch biologischer Pfade

BioPAX Cytoscape PlugIn ermöglicht Cytoscape-Benutzern das Laden und visuelle Rendern von BioPAX-Dateien aus dem Internet oder einem lokalen Dateisystem, das mit Reactome-Beispieldateien verteilt wird

BioPP ist ein Tool zur Web-Publikation biologischer Netzwerke

BioProfiling de bietet eine gemeinsame Schnittstelle für eine Sammlung kürzlich entwickelter Analysetools für Genomik-, Proteomik- und Metabolimikdaten

BioSemantic ist ein Framework, das entwickelt wurde, um die Integration relationaler biologischer Datenbanken zu beschleunigen

Die Möglichkeit zur systematischen Neupositionierung von Medikamenten bietet Entscheidungsträgern ein zuverlässiges Werkzeug für die Optimierung der Pipeline, den Schutz von Vermögenswerten und das Lebenszyklusmanagement

Das BioWisdom Sequence Retrival System (SRS) ist eine bewährte und skalierbare Datenintegrationsplattform, die Tausenden von Benutzern genomische Daten bereitstellt

Visualisierung experimenteller transkriptomischer Daten mit verschiedenen Ansichten, zwischen denen Benutzer wechseln und sie vergleichen können

BirdsEyeView (BEV) ist eine grafische Übersicht über experimentelle Daten

BisoGenet ist eine Cytsocape-App zum Aufbau, zur Visualisierung und Analyse von Gennetzwerken

Bayesian Network Prior (BNP) stellt die Beziehung zwischen verschiedenen Evidenztypen dar, die zur Ereignisgeninteraktion beitragen, und wird verwendet, um die Wahrscheinlichkeit eines Kandidatengraphen (G) im Strukturlernprozess zu berechnen

BowTieBuilder ist ein Modellieren von Signaltransduktionswegen

Consensus and Conflict Cards (C2Cards) bieten einen prägnanten Überblick darüber, worüber Pfaddatenbanken übereinstimmen oder nicht.

Cancer Biomedical Informatics Grid·caBIG· ist ein Informationsnetzwerk, das es allen Interessengruppen in der Krebsgemeinschaft _ Forschern, Ärzten und Patienten _ ermöglicht, Daten und Wissen auszutauschen

CAERUS prognostiziert Krebsergebnisse anhand der Beziehung zwischen Proteinstrukturinformationen, Proteinnetzwerken, Genexpressionsdaten und Mutationsdaten

CancerResource ist eine umfassende Datenbank krebsrelevanter Proteine ​​und Wechselwirkungen von Verbindungen, die durch experimentelles Wissen unterstützt wird

CANGES bietet ein Mittel, um schnell Netzwerke für jeden Satz von Genen zu identifizieren und neue Hypothesen zu generieren

canSAR ist eine integrierte Ressource für die öffentliche translationale Krebsforschung und Wirkstoffforschung

Ein menschliches metabolisches Netzwerk, das für die Untersuchung des Kardiomyozyten-Stoffwechsels geeignet ist

CardioNet ist ein menschliches Stoffwechselnetzwerk, das für die Untersuchung des Kardiomyozyten-Stoffwechsels geeignet ist

CardioVINEdb ist ein Data-Warehouse-Ansatz zur Integration von Life-Science-Daten bei Herz-Kreislauf-Erkrankungen

Die Cell Cycle Database ist eine Sammlung von Genen und Proteinen, die am Zellzyklus von Mensch und Hefe beteiligt sind

Die Cancer Gene Encyclopedia wird es Wissenschaftlern ermöglichen, neue Krebsziele zu identifizieren

Die Cell Cycle Ontology ist eine Anwendungsontologie zur Darstellung und integrierten Analyse des Zellzyklusprozesses

Cell Illustrator ist eine Umgebung zur Simulation und Darstellung biologischer Systeme

CellBase ist eine umfassende Sammlung von RESTful-Webdiensten zum Abrufen relevanter biologischer Informationen aus heterogenen Quellen

CellCircuits ist eine Datenbank mit Proteinnetzwerkmodellen

CellDesigner ist ein strukturierter Diagrammeditor zum Zeichnen von Genregulations- und biochemischen Netzwerken

CellFrame ist eine Datenstruktur zur Abstraktion von zellbiologischen Experimenten und zum Aufbau von Störungsnetzwerken

Das Characterization Tool ist eine neuartige wissensbasierte Datenbank und Webanwendung, die die Speicherung und Analyse verschiedener Arten von Daten im Zusammenhang mit der Zell-, Zelllinien- und Gewebecharakterisierung über verschiedene Spezies hinweg ermöglicht

Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ist ein frei verfügbares Wörterbuch molekularer Einheiten, das sich auf „kleine“ chemische Verbindungen konzentriert

Chem2Bio2RDF ist ein semantisches Framework für die Verknüpfung und das Data Mining von chemogenomischen und systemchemischen Biologiedaten

ChemPort ist eine Datenbank für die chemische Biologie von Krankheiten, die auf einer Zusammenstellung mehrerer chemischer_Protein-Annotationsressourcen sowie krankheitsassoziierter Protein_Protein-Interaktionen basiert

Chisio BioPAX Editor (ChiBE) ist ein kostenloses Bearbeitungs- und Visualisierungstool für Pathway-Modelle, die im BioPAX-Format dargestellt werden

Chipster ist eine benutzerfreundliche Analysesoftware für Microarray- und andere Hochdurchsatzdaten

CIDeR ist ein multifaktorielles Interaktionsnetzwerk bei menschlichen Erkrankungen

Das Cardiac Integrated Database Management System (CIDMS) integriert die heterogenen Omic-Daten (verfügbar aus einer Vielzahl von Quellen und in verschiedenen Formaten wie Publikationen und zugehörigen ergänzenden Dateien, Datenbanken und Webseiten), die auf verschiedenen biologischen Ebenen generiert werden

CluePedia bietet Einblicke in Pfade durch die Integration experimenteller und in silico Informationen

Ein webbasiertes System zur Visualisierung und Analyse genomweiter Methylierungsdaten menschlicher Krebserkrankungen

COFECO ist ein webbasiertes Tool für eine zusammengesetzte Annotation von Proteinkomplexen

ConsensusPathDB ist ein Datenbanksystem zur Integration menschlicher funktionaler Interaktionen

COPASI ist eine Softwareanwendung zur Simulation und Analyse biochemischer Netzwerke und ihrer Dynamik

cPath ist eine Open-Source-Pfaddatenbank und eine Softwaresuite für die systembiologische Forschung

Der kontextspezifische Protein Network Miner leitet kontextspezifische PPI-Netzwerke in Echtzeit aus der PubMed-Datenbank ab, basierend auf einer Reihe von Benutzereingabe-Schlüsselwörtern und einem verbesserten PubMed-Abfragesystem

Die Charakterisierung von systematischen Anomalien in eXpression Data (CSAX) hilft sowohl bei der Identifizierung von Anomalien als auch bei der Erklärung der zugrunde liegenden Biologie in Expressionsdatensätzen

Die Comparative Toxicogenomics Database (CTD) ist eine kuratierte Datenbank, die das Verständnis über die Auswirkungen von Umweltchemikalien auf die menschliche Gesundheit fördert

CTSA Pharmaceutical Assets Portal

Das Pharmaceutical Assets Portal zielt darauf ab, die Zusammenarbeit zwischen Industrie und Wissenschaft zur Entdeckung neuer Indikationen für Wirkstoffe zu erleichtern, die von Pharmaunternehmen nicht mehr entwickelt werden, indem Barrieren für den Zugang zu solchen Wirkstoffen beseitigt werden

Eine Cytoscape-App zur Integration regulatorischer Interaktionen in die Netzwerkanalyse

Cytoscape ist ein kostenloses Softwarepaket zur Visualisierung, Modellierung und Analyse von molekularen und genetischen Interaktionsnetzwerken

DAPD ist eine Wissensdatenbank für Diabetes-assoziierte Proteine

DAPPER ist eine Data-Mining-Ressource für Protein-Protein-Interaktionen

Der Disease Association Protein-Protein Link Evaluator (DAPPLE) sucht nach signifikanter physikalischer Konnektivität zwischen Proteinen, die von Genen in krankheitsassoziierten Loci kodiert werden, gemäß den in der Literatur beschriebenen Protein-Protein-Interaktionen

Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) bietet einen umfassenden Satz funktionaler Annotationswerkzeuge für Forscher, um die biologische Bedeutung hinter einer großen Liste von Genen zu verstehen

DawnRank ist ein Discovery-Tool für personalisierte Treibergene bei Krebs

dbOGAP ist eine Datenbank von O-GlcNAcylierten Proteinen und Standorten

DC-ATLAS ist eine systembiologische Ressource zur Analyse der rezeptorspezifischen Signaltransduktion in dendritischen Zellen

Die Dragon Database of Genes in Esophageal Cancer (DDEC) ist eine integrierte Wissensdatenbank, die ein Tor zu Daten zu Speiseröhrenkrebs darstellen soll

DDESC ist eine Dragon-Datenbank zur Erforschung von Natriumkanälen beim Menschen,

Dragon Database of Genes Associated with Prostate Cancer (DDPC) ist eine integrierte Wissensdatenbank, die ein Tor zu Prostatakrebs-bezogenen Daten darstellen soll

DECODE ist eine integrierte differenzielle Koexpressions- und Differenzialexpressionsanalyse von Genexpressionsdaten

DeDaL ist eine Cytoscape 3-App zum Erstellen und Morphen von datengesteuerten und strukturgesteuerten Netzwerklayouts

DEEP ist ein Werkzeug zur Vorhersage von Effektor-Ausdrücken

Dragon Exploratory System on Hepatitis C Virus (DESHCV) ist eine biomedizinische Text-Mining- und Beziehungsforschungs-Wissensdatenbank ist die erste gemeldete umfassende Hepatitis-C-Virus (HCV)

Das Dragon Exploration System for Sichelzellenanämie ermöglicht die Erkundung von text- und data-mined Informationen über SCD

Das Dragon Exploration System for Toxicants and Fertility (DESTAF) ist eine spezialisierte, öffentliche Ressource, die sich speziell an Forscher richtet, die die Reproduktionstoxizität untersuchen

Die DICS-Datenbank ist ein dynamisches Web-Repository von rechnerisch vorhergesagten Funktionsmodulen aus dem menschlichen Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk

Dintor ist ein Datenintegrations-Framework, das eine Reihe von über 30 Tools bietet, um Forscher bei der Erforschung von Genomik- und Proteomik-Datensätzen zu unterstützen

Eine interaktive Ressource für die rationale Auswahl und den Vergleich mutmaßlicher Wirkstoff-Zielproteine ​​bei Malaria Phelelani T

DisGeNET ist eine Entdeckungsplattform, die Informationen über Gen-Krankheits-Assoziationen (GDAs) aus mehreren öffentlichen Datenquellen und der Literatur integriert

Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und reich kommentierte Datenbank der Genomdynamik während des Zelllebens

DR-GAS ist eine Datenbank funktioneller genetischer Varianten und ihrer Phosphorylierungszustände in menschlichen DNA-Reparatursystemen

DriverDB ist eine Exom-Sequenzierungsdatenbank zur Identifizierung von Krebstreibergenen

DriverNet deckt die Auswirkungen somatischer Treibermutationen auf Transkriptionsnetzwerke bei Krebs auf

Die Drosophila Interactions Database ist eine umfassende Ressource für kommentierte Gen- und Proteininteraktionen

DrugViz ist ein Cytoscape-Plugin, das entwickelt wurde, um kleine Moleküle im Rahmen des Interaktoms zu visualisieren und zu analysieren

Data Repository of Yeast Genetic Interactions (DRYGIN) ist ein Web-Datenbanksystem, das eine zentrale Plattform für die Analyse und Visualisierung von hefegenetischen Netzwerken bietet

ECMDB ist die E coli Metabolom Database

Eddb ist eine Webressource für Essstörungen und ihre Anwendung zur Identifizierung eines erweiterten Adipozytokin-Signalwegs im Zusammenhang mit Essstörungen

EndoNet ist eine Informationsquelle über das interzellulare Signalisierungsnetz

ENFIN ist ein Netzwerk zur Verbesserung der integrativen Systembiologie

Enrichment Map ist eine netzwerkbasierte Methode zur Visualisierung und Interpretation der Gen-Set-Anreicherung

Enrichr ist ein interaktives und kollaboratives Tool zur Analyse der HTML5-Genlistenanreicherung

Erschließt und zeigt Daten über Proteine ​​mit enzymatischer Aktivität aus öffentlichen Repositorien über eine einzige Suche an und umfasst biochemische Reaktionen, biologische Wege, Chemie kleiner Moleküle, Krankheitsinformationen, 3D-Proteinstrukturen und relevante wissenschaftliche Literatur

Eu Gene Analyzer ist ein Tool zur Integration von Genexpressionsdaten mit Pathway-Datenbanken

EXPression ANalyzer und DisplayER) ist eine integrierte Softwareplattform zur Analyse von Genexpressionsdaten, die für den akademischen Gebrauch frei verfügbar ist

Der Proteomics-Server Expert Protein Analysis System (ExPASy) des Schweizerischen Instituts für Bioinformatik (SIB) widmet sich der Analyse von Proteinsequenzen und -strukturen sowie der 2-D-PAGE

FACT ist ein Framework für die funktionale Interpretation von Hochdurchsatzexperimenten

FLIGHT ist eine Online-Ressource, die Daten von über 100 Drosophila-In-vivo- und In-vitro-RNAi-Screens zusammenstellt

Umfassende Pathway-Karte, die als grafisch dargestellte Wissensdatenbank und als Plattform zur Analyse funktioneller Interaktionen zwischen IAV und Wirtsfaktoren dienen kann

Ein VANTED-Add-on zur visuellen Untersuchung von Flussverteilungen in biologischen Netzwerken

FlyMine ist eine integrierte Datenbank für die Genomik von Drosophila und Anopheles

FlyReactome ist eine kuratierte Wissensdatenbank über die Stoffwechselwege von Drosophila melanogaster

Functional Genomics Assistant ist eine erweiterbare und portable MATLAB-Toolbox für die Inferenz biologischer Beziehungen, Graphtopologieanalyse, zufällige Netzwerksimulation, Netzwerk-Clustering und funktionale Anreicherungsstatistiken

Die FunGenES-Datenbank ist eine Genomik-Ressource für die Differenzierung von embryonalen Stammzellen der Maus

g:Profiler ist ein webbasiertes Toolset zur funktionalen Profilerstellung von Genlisten aus Großexperimenten

Genes-to-Systems Breast Cancer (G2SBC) Database ist eine Bioinformatik-Ressource, die Daten über Gene, Transkripte und Proteine ​​sammelt und integriert, von denen in der Literatur berichtet wurde, dass sie in Brustkrebszellen verändert werden

Gaggle ist ein Framework für den Datenaustausch zwischen unabhängig entwickelten Softwaretools und Datenbanken, um eine interaktive Exploration von systembiologischen Daten zu ermöglichen

Gallus Genome GBrowse bietet Online-Zugriff auf genomische und andere Informationen über das Huhn

GallusReactome ist eine kuratierte Wissensdatenbank über Hühnerwege

Ein neuartiger Ansatz zur Gen-gewichteten Pathway-Analyse, wie er in einem R-Paket namens „Gene Associaqtion Network-based Pathway Analysis“ implementiert ist.

Gene Functional Association Predictor ist eine integrative Methode zur Vorhersage und Charakterisierung von Genfunktionsassoziationen

Grid Analysis of Time-Series Expression (GATE) ist eine integrierte Computersoftwareplattform für die Analyse und Visualisierung hochdimensionaler biomolekularer Zeitreihen

GBMBase konzentriert sich auf Daten, die in der Glioblastoma multiforme (GBM)-Forschung verwendet werden

GCMAP ist ein benutzerfreundliches Konnektivitäts-Mapping mit R

Genetic Diseases Gene Discovery (GEDI) bietet integrierte Bioinformatik-Plattformen, die die Systemanalyse menschlicher Multigenerkrankungen unterstützen

Das Projekt Gene Ontology ist eine große Bioinformatik-Initiative mit dem Ziel, die Darstellung von Gen- und Genproduktattributen arten- und datenbankübergreifend zu standardisieren

Gene3D ist eine domänenbasierte Ressource für vergleichende Genomik, funktionelle Annotation und Proteinnetzwerkanalyse

Verwenden des GeneAnswers-Pakets von Bioconductor zum Interpretieren von Genlisten

GeneBrowser 2 ist eine Anwendung zum Erkunden und Identifizieren gemeinsamer biologischer Merkmale in einer Reihe von Genen

Extrahiert und integriert genbezogene Daten, einschließlich genomischer, transkriptomischer, proteomischer, genetischer, klinischer und funktioneller Informationen

Hilft Ihnen, die Funktion Ihrer Lieblingsgene und Gensets vorherzusagen

GeneSigDB ist eine manuell kuratierte Datenbank und Ressource zur Analyse von Genexpressionssignaturen

GeneSpring GX bietet leistungsstarke, zugängliche statistische Werkzeuge für die schnelle Visualisierung und Analyse von Expressions- und genomischen Strukturvariationsdaten

GeneSrF ist ein webbasiertes Tool zur Genselektion und -klassifizierung mittels Random Forest

GeneTrail 2 ist ein Webinterface, das Zugriff auf verschiedene Tools für die statistische Analyse molekularer Signaturen bietet

Gene Map Annotator and Pathway Profiler (GenMAPP) ist ein kostenloses Open-Source-Bioinformatik-Softwaretool, das entwickelt wurde, um genomische Daten im Kontext von Signalwegen (metabolisch, signalisierend) zu visualisieren und zu analysieren und Datensätze auf Genebene mit biologischen Prozessen und Krankheiten zu verbinden

Ein Cloud-basiertes Interoperabilitäts-Framework zur Unterstützung integrativer Genomikanalysen über eine benutzerfreundliche Weboberfläche

GenWay Biotech, Inc ist ein Anbieter von Protein-, Antikörper- und ELISA-Lösungen

gespeR ist ein statistisches Modell zur Entfaltung von Off-Target-confounded RNA-Interferenz-Screens

Genomic Explorer Y Survey of Immune Response (GEYSIR) ist eine Webanwendung, die entwickelt wurde, um Fallkontrollassoziationsdaten mit genetischen und physischen Karten des menschlichen Genoms zu korrelieren, einschließlich wichtiger menschlicher Gene, die mit der Immunantwort des Wirts verbunden sind

GingerSNP-Tools helfen Ihnen, standardmäßige menschliche SNP-Arrays nach Interaktion, Signalweg und Funktion zu untersuchen

GLAMM ist eine genomgebundene Anwendung für Metabolic Maps

GOAL ist ein Softwaretool zur Bewertung der biologischen Bedeutung von Gengruppen

GoMiner» ist ein Tool zur biologischen Interpretation von Omic-Daten _ einschließlich Daten von Genexpressions-Microarrays

GPEC ist ein Cytoscape-Plug-in für die Genpriorisierung auf Random-Walk-Basis und die Sammlung biomedizinischer Beweise

Ein Bioleiterpaket zur Umwandlung der Pathway-Topologie in ein Gennetzwerk

GraphWeb ist ein öffentlicher Webserver zur graphbasierten Analyse biologischer Netzwerke

Die Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) ist eine rechnerische Methode, die bestimmt, ob ein a priori definierter Satz von Genen statistisch signifikante, übereinstimmende Unterschiede zwischen zwei biologischen Zuständen aufweist

GuavaH ist ein Kompendium von Wirtsgenomdaten in der HIV-Biologie und -Krankheit

Das International HapMap Project ist eine Partnerschaft von Wissenschaftlern und Förderorganisationen aus Kanada, China, Japan, Nigeria, dem Vereinigten Königreich und den Vereinigten Staaten, um eine öffentliche Ressource zu entwickeln, die Forschern hilft, Gene zu finden, die mit menschlichen Krankheiten und der Reaktion auf Arzneimittel in Verbindung stehen

HCVpro ist eine Hepatitis-C-Virus-Protein-Interaktionsdatenbank

HDAPD ist ein Webtool zur Suche nach krankheitsassoziierten Proteinstrukturen

HEFalMp (Human Experimental/FunctionAL MaPper) ist ein Werkzeug, das die interaktive Untersuchung von funktionellen Karten (oder funktionellen Beziehungsnetzwerken) ermöglicht, die aus der Integration vieler experimenteller Ergebnisse auf Genomskala vorhergesagt werden

HepatoNet1 ist eine umfassende metabolische Rekonstruktion der menschlichen Hepatozyten zur Analyse der Leberphysiologie

Die HGNC-Datenbank von 2008 ist eine Ressource für das menschliche Genom

hiPathDB ist eine vom Menschen integrierte Pfaddatenbank mit einfacher Visualisierung

hLGDB ist eine Datenbank mit menschlichen lysosomalen Genen und deren Regulation

Die Human Metabolome Database (HMDB) ist eine frei verfügbare elektronische Datenbank mit detaillierten Informationen über niedermolekulare Metaboliten im menschlichen Körper

Das Human Membrane Protein Analysis System liefert umfassende Informationen über menschliche Membranproteine, einschließlich spezifischer Merkmale bestimmter Membranproteingruppen

HMPAS ist ein Human-Membranprotein-Analysesystem

Datenbank für menschliche Membrantransporter

Bicluster-miRNAs und Target-Messenger-RNAs (mRNAs) auf Basis ihrer experimentell nachgewiesenen und/oder vorhergesagten Wechselwirkungen

HomoMINT ist ein abgeleitetes menschliches Netzwerk, das auf der orthologischen Kartierung von Proteininteraktionen basiert, die in Modellorganismen entdeckt wurden

Human Pathway Database (HPD) ist eine integrierte Human Pathway Database, die eine umfassende und kombinierte Ansicht bietet, die menschliche Proteine, Gene, RNAs, Enzyme, Signale, Stoffwechselreaktionen und Genregulationsereignisse verbindet

HPIDB ist eine einheitliche Ressource für Wirt-Pathogen-Interaktionen

Hubba ist ein ahub-Objektanalysator – ein Framework zur Identifizierung von Interaktom-Hubs für die Netzwerkbiologie

HuPho ist ein Portal für die menschliche Phosphatase

Eine krankheitsorientierte Plattform, die Daten zu biomolekularen Mechanismen sammelt, die am Ausbruch einer entzündlichen Darmerkrankung beteiligt sind

IDClight konvertiert einzelne IDs über eine URL

IDconvertor ordnet IDs anderen bekannten öffentlichen DBs zu

Das Immunology Database and Analysis Portal (ImmPort) ist ein One-Stop-Shop für den Zugriff auf Referenz- und Experimentdaten für Immunologen

Influenza-Forschungsdatenbank

Die Influenza-Forschungsdatenbank ist eine Ressource für die Influenzavirus-Forschungsgemeinschaft, die das Verständnis des Influenzavirus und seiner Interaktion mit dem Wirtsorganismus erleichtert

InnateDB ist eine öffentlich zugängliche Datenbank der Gene, Proteine, experimentell bestätigten Interaktionen und Signalwege, die an der angeborenen Immunantwort von Menschen und Mäusen auf mikrobielle Infektionen beteiligt sind

Integrating Network Objects with Hierarchies (INOH) ist eine Pathway-Datenbank von Modellorganismen wie Mensch, Maus, Ratte und anderen

NRICH ist ein intervallbasiertes Anreicherungsanalysetool für genomweite Assoziationsstudien

IntAct ist eine Open-Source-Ressource für molekulare Interaktionsdaten

IntegromeDB ist eine integrierte System- und biologische Suchmaschine

Eine Ressource für die strukturelle Annotation und Modellierung von Protein-Protein-Wechselwirkungen

Ein Open-Source-Data Warehouse, das speziell für die Integration und Analyse komplexer biologischer Daten entwickelt wurde

Integrierte Pathway-Analysedatenbank für die systematische Anreicherungsanalyse zur Definition der Interassoziation zwischen Pathway-, Krankheits-, Arzneimittel- und Organspezifität

iPAS ist eine Reihe integrativer Schritte, die bestehende Pathway-Analysetechniken erweitern

IPAVS ist ein integriertes Pathway-Ressourcen-, Analyse- und Visualisierungssystem

InterSpecies Analyzing Application using Containers ist ein webbasiertes Tool, das Sätze von Genen, Transkripten und Proteinen unter verschiedenen biologischen Gesichtspunkten analysiert und diese Sätze zu jedem Zeitpunkt der Analyse interaktiv modifizieren kann

KaBOB ist eine ontologiebasierte semantische Integration biomedizinischer Datenbanken

Update von KDBI ist eine Datenbank mit kinetischen Daten der biomolekularen Interaktion

KeyPathwayMiner ist eine zustandsspezifische Pathway-Analyse durch die Kombination mehrerer Omics-Studien und -Netzwerke mit Cytoscape

KOBAS ist ein Update von KOBAS (KEGG Orthology Based Annotation System). Sein Zweck besteht darin, statistisch angereicherte verwandte Signalwege und Krankheiten für eine Reihe von Genen oder Proteinen zu identifizieren, unter Verwendung von Signalweg- und Krankheitswissen aus mehreren häufig verwendeten Datenbanken

LDGIdb ist eine Datenbank von Geninteraktionen, die aus einem weitreichenden starken Kopplungsungleichgewicht zwischen Paaren von SNPs abgeleitet werden

Linked Life Data ist eine semantische Integrationsplattform für den biomedizinischen Bereich

Eine Datenbank mit theoretischen Lipiden, die für die Hochdurchsatz-Massenspektrometrie-Lipidomik optimiert sind

Lists2Networks bietet eine integrierte Analyse von Gen-/Proteinlisten

LiverAtlas ist eine einzigartige integrierte Wissensdatenbank für die Erforschung von Leber- und Lebererkrankungen auf Systemebene

Library of Knowledge Integration (LOKI), die vielfältiges Vorwissen aus mehreren Sammlungen biologischer Daten enthält

MAGeCK ermöglicht die robuste Identifizierung essentieller Gene aus CRISPR/Cas9-Knockout-Screens im Genommaßstab

Manteia ist ein prädiktives Data-Mining-System für Wirbeltiergene und ihre Anwendungen bei humangenetischen Erkrankungen

mAPKL ist ein aR/Bioconductor-Paket zum Nachweis von Genexemplaren und zum Aufzeigen ihrer Eigenschaften

MassVis ist eine visuelle Analyse von Proteinkomplexen mittels Massenspektrometrie

Das MeSH-ORA-Framework besteht aus aR/Bioconductor-Paketen zur Unterstützung der MeSH-Überrepräsentationsanalyse

Meta-All ist ein System zur Verwaltung von Stoffwechselweginformationen

Das MetaboLights-Repository ist eine Curation-Herausforderung in der Metabolomik

MetaCrop 20 ist eine Verwaltung und Erforschung von Informationen über den Stoffwechsel von Nutzpflanzen

MetaCyc ist eine Datenbank nichtredundanter, experimentell aufgeklärter Stoffwechselwege

Kartierung und Visualisierung metabolomischer Daten durch Integration von Informationen aus biochemischen Pfaden und chemischer und massenspektraler Ähnlichkeit

METANNOGEN ist ein flexibles Werkzeug zur Verwaltung von Informationen für das Design von Stoffwechselnetzwerken

MetaReg ist eine Plattform für die Modellierung, Analyse und Visualisierung biologischer Systeme mit groß angelegten experimentellen Daten

metaTIGER ist eine Sammlung von Stoffwechselprofilen und phylogenomischen Informationen zu einer taxonomisch vielfältigen Palette von Eukaryoten

MetNet Online ist eine neuartige integrierte Ressource für die Pflanzensystembiologie

MetNetAPI ist eine flexible Methode für den Zugriff und die Manipulation biologischer Netzwerkdaten von MetNet

MetRxn ist eine Wissensdatenbank zu Metaboliten und Reaktionen, die metabolische Modelle und Datenbanken umfasst

MGV ist ein generischer Graph-Viewer für vergleichende Omics-Daten

Michigan Molecular Interactions (MiMI) bietet Zugriff auf das Wissen und die Daten, die aus zahlreichen Proteininteraktionsdatenbanken zusammengeführt und integriert wurden

MIMO ist ein effizientes Werkzeug für molekulare Interaktionskarten Überlappung

Mimoza ist ein webbasiertes semantisches Zoomen und Navigieren in metabolischen Netzwerken

MINT ist ein öffentliches Repository für molekulare Interaktionsdaten

Das microRNA Data Integration Portal (mirDIP) integriert zwölf microRNA-Vorhersagedatensätze aus sechs microRNA-Vorhersagedatenbanken, sodass Benutzer ihre microRNA-Zielsuche anpassen können

MIRIAM ist ein Versuch, die minimalen Informationen, die bei der Annotation von Modellen erforderlich sind, zu standardisieren, sodass verschiedene Gruppen bei der Annotation und Kuratierung von Rechenmodellen in der Biologie zusammenarbeiten können

Die miRror-Suite-Plattform liefert eine prägnante und plausible Erklärung für die Regulation von miRNAs in solch komplexen Umgebungen

miRSystem ist ein integriertes System zur Charakterisierung angereicherter Funktionen und Pfade von MicroRNA-Targets

MK4MDD ist eine mehrstufige Wissensdatenbank und Analyseplattform für schwere depressive Störungen

MMMDB ist eine Maus-Mehrfachgewebe-Metabolom-Datenbank

modMine ist ein flexibler Zugriff auf modENCODE-Daten

MODOMICS ist eine Datenbank von RNA-Modifikationswegen - Update 2013

Die Datenbank MoKCa (Mutations of Kinases in Cancer) wurde entwickelt, um die phänotypischen Folgen von Mutationen in Proteinkinasen, die an Krebs beteiligt sind, strukturell und funktionell zu kommentieren und wo möglich vorherzusagen

MoonDB ist eine Datenbank mit Informationen zu allen in den Analysen identifizierten Kandidaten und einer Reihe von manuell kuratierten menschlichen Moonlighting-Proteinen

Die Modellorganismus-Proteinexpressionsdatenbank ermöglicht Entdeckungen durch konsistent verarbeitete Proteomikdaten

Die Molecular Signatures Database (MSigDB) ist eine Sammlung annotierter Gensätze zur Verwendung mit der GSEA-Software

MuSiC ist ein Erkennungsmerkmal von Mutationen in Krebsgenomen

MyBiosource ist ein Anbieter von Antikörper-, Protein-, Peptid- und ELISA-Reagenzien

NaviCell ist eine webbasierte Umgebung für die Navigation, Kuratierung und Pflege großer molekularer Interaktionskarten

Eine leistungsstarke Grafikanwendung für die 2D- und 3D-Visualisierung biologischer Netzwerke

Die NCBI Biosystems-Datenbank zentralisiert und vernetzt bestehende Datenbanken für biologische Systeme

Entrez Gene ist eine durchsuchbare Datenbank von Genen aus RefSeq-Genomen, die nach Sequenz definiert und/oder im NCBI Map Viewer lokalisiert ist

BioPortal ist eine webbasierte Anwendung für den Zugriff auf und die gemeinsame Nutzung biomedizinischer Ontologien

NCIS ist ein netzwerkgestütztes Co-Clustering zur Identifizierung von Krebs-Subtypen

ncRNA ist eine Portalseite für Bioinformatik-Tools und -Datenbanken, die auf funktionelle RNAs spezialisiert sind

NeMo ist eine Netzwerkmodul-Identifikation in Cytoscape

NetBox ist ein Java-basiertes Softwaretool zur Durchführung von Netzwerkanalysen in menschlichen Interaktionsnetzwerken

Eine einfache wissensbasierte Mining-Methode zur Erforschung verborgener Schlüsselmoleküle in einem menschlichen biomolekularen Netzwerk

NetPath ist eine öffentliche Ressource für kuratierte Signalübertragungswege

NetSlim ist eine kuratierte Signalisierungskarte mit hoher Zuverlässigkeit

NetWalker ist ein kontextbezogenes Netzwerkanalysetool für funktionelle Genomik

Network Screening ist eine neue Methode zur Identifizierung aktiver Netzwerke aus einem Ensemble bekannter Netzwerke

Network2Canvas ist eine Netzwerkvisualisierung auf einem Canvas mit Anreicherungsanalyse

NetWORKIN ist eine Methode zur Vorhersage von In-vivo-Kinase-Substrat-Beziehungen, die Konsensusmotive mit Kontext für Kinasen und Phosphoproteine ​​erweitert

NetworkLego ist ein allgemeiner Rechenrahmen zum Erkennen von Mobilfunknetzen, die in einem bestimmten Zellenzustand oder als Reaktion auf eine Störung aktiviert werden, und zum Bestimmen von Kernzellularnetzen, die als Reaktion auf mehrere Störungen aktiviert werden

Ein vielseitiges Werkzeug für die netzwerkbasierte Priorisierung von Kandidaten-Krankheitsgenen oder anderen Molekülen

Eine Open-Source-Plattform für den Aufbau und die Analyse neurodegenerativer Krankheitsnetzwerke

neXtProt ist eine menschzentrierte Entdeckungsplattform, die ihren Benutzern eine nahtlose Integration und Navigation durch proteinbezogene Daten bietet

Networked Gene Prioritizer integriert Genexpression und Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk, um krebsassoziierte Gene zu priorisieren

OncoRep ist ein n-von-1-Berichtstool zur Unterstützung der genomgesteuerten Behandlung von Brustkrebspatientinnen mit RNA-Sequenzierung

Onto-Tools ist eine Neuzugänge und Verbesserungen im Jahr 2006

OntoSlug ist ein dynamisches visuelles Frontend-Programm für Ontologien

Integrierte bekannte, experimentelle und vorhergesagte PPIs für fünf Modellorganismen und den Menschen in der I2D-Datenbank

ORCID bietet eine persistente digitale Kennung, die Sie von allen anderen Forschern unterscheidet

Ontology Reasoning Engine for Molecular Pathways ist ein semantisches Wörterbuch von Computerpfadmodellen

Die p53-Wissensdatenbank ist eine integrierte Informationsquelle für die p53-Forschung

PAGED ist eine Datenbank zur Anreicherung von Signalwegen und Gensätzen, um Entdeckungen molekularer Phänotypen zu ermöglichen

PAGER ist ein neues Datenbank-Framework zur Durchführung integrativer ñGen-Set-, Netzwerk- und Pfadanalyseî (GNPA)

PaLS ist ein Tool, das aus einer Liste oder einer Reihe von Listen von Gen-/Klon-/Protein-Identifikatoren diejenigen filtert, die bestimmte Kriterien in Bezug auf ihre Verweise auf Artikel in PubMed, Gene Ontology-Begriffe und KEGG- und Reactome-Pfade erfüllen

Pankreasexpressionsdatenbank

Die Pankreas-Expressionsdatenbank ist das Hauptrepository für Pankreas-abgeleitete -omics-Daten

Pandora ist ein neuartiger integrierter Ansatz, der Netzwerktopologie verwendet, um biologische Pfade vorherzusagen

PARADIGM-SHIFT sagt die Funktion von Mutationen bei mehreren Krebsarten mithilfe der Pathway-Impact-Analyse voraus

Path2Models ist eine groß angelegte Generierung von Computermodellen aus biochemischen Pfadkarten

PathAgent ist ein Multi-Agenten-System für die Integration aktualisierter Pathway-Informationen

PathCase-SB integriert Datenquellen und stellt Werkzeuge für die systembiologische Forschung bereit

PathJam ist ein öffentliches Tool, das einen intuitiven und benutzerfreundlichen Rahmen für die Analyse biologischer Pfade von menschlichen Genlisten bietet

Ein skalierbares boolesches Framework zur Modellierung der zellulären Signalgebung

Pathway Named Entity Recognition ist ein Werkzeug zur systematischen Identifizierung von Erwähnungen biologischer Pfade in der Literatur

Pathprinting ist ein integrativer Ansatz, um die funktionellen Grundlagen von Krankheiten zu verstehen

PathRings ist ein webbasiertes Tool zur Untersuchung von Ortholog- und Expressionsdaten in biologischen Signalwegen

PathScan ist ein Werkzeug zum Erkennen der Bedeutung der Mutation in Gruppen von mutmaßlichen Krebsgenen

PathVar ist die Analyse der Varianz der Gen- und Proteinexpression in zellulären Signalwegen unter Verwendung von Microarray-Daten

Pathview ist ein R/Bioconductor-Paket für die pfadbasierte Datenintegration und Visualisierung

Daten zu Pfaden mit PathVisioRPC aus jeder Programmierumgebung automatisch visualisieren und analysieren

Der Pathway-Projektor ist ein webbasierter zoombarer Pfadbrowser, der KEGG Atlas und Google Maps API verwendet

Pathway Commons bietet Forschern bequemen Zugang zu einer umfassenden Sammlung von Signalwegen von mehreren Organismen

Pathway-Interaktionsdatenbank

Pathway Interaction Database (PID) ist eine frei verfügbare Sammlung von kuratierten und von Experten begutachteten Signalwegen, die aus menschlichen molekularen Signalen und regulatorischen Ereignissen sowie zellulären Schlüsselprozessen besteht

Pathway Knowledge Base ist ein öffentliches Repository für die Suche nach biologischen Pfaden

Pathway-GPS und SIGORA identifizieren relevante Pathways basierend auf der Überrepräsentation ihrer Genpaarsignaturen

PathwayCaseMAW ist ein Online-System zur metabolischen Netzwerkanalyse

Ein System zur Integration von Protein-Protein-Interaktions- und Signalwegdaten aus mehreren Quellen mit statistischen Signifikanztests und klarer Visualisierung

PATIKAmad bringt Microarray-Daten in Pfadkontext

Pathway-Analyse-Tool für Integration und Wissenserwerb

Eine Open-Source-Java-Bibliothek, die Funktionen und Algorithmen für allgemeine, aber schwierig zu implementierende Aufgaben wie Lesen, Schreiben, Suchen, Zusammenführen, Vergleichen und Transformieren von Pfadinformationen enthält

Payao ist eine Community-Plattform für die Kuration von SBML-Pfadmodellen

Der PBSK-Browser ermöglicht Benutzern die Navigation durch die biologischen Pfade der Formate PSI-MI, BioPAX, SBML und KGML

Ein Informationsportal zu biologischen makromolekularen Strukturen

Die Proteindatenbank in Europa (PDBe) bringt Struktur in die Biologie

Prion Disease Database (PDDB) konzentriert sich auf Daten, die in der Prion Disease (PD)-Forschung verwendet werden Diese Website bietet Tools, mit denen Wissenschaftler diese PD-Daten analysieren, speichern und mit anderen Wissenschaftlern teilen können

Das Analysetool für die Pathway-Anreicherung bietet eine Vorab-Methode zur Identifizierung der zugrunde liegenden biologischen Prinzipien durch die Berechnung angereicherter Pathways in Fokusnetzwerken

Das Personalisierte NSAID Therapeutics Consortium (PENTACON) ist eine Gruppe von Wissenschaftlern mit breitem Fachwissen aus mehreren Institutionen, deren gemeinsames Ziel es ist, ein Paradigma für die Personalisierung der medikamentösen Behandlung zu entwickeln

Integrierte Datenressource darüber, wie Variationen in der Humangenetik zu Variationen in Reaktion auf Medikamente führen

PhosphoELM ist eine Datenbank mit Phosphorylierungsstellen - Update 2008

Pathogen Interaction Gateway ist eine Datenbank mit Host-Pathogen-PPI (HP-PPI)-Daten aus einer Reihe öffentlicher Ressourcen

Protein Information Resource (PIR) ist eine integrierte öffentliche Bioinformatik-Ressource zur Unterstützung genomischer, proteomischer und systembiologischer Forschung und wissenschaftlicher Studien

Eine frei zugängliche Datenbank für Pflanzenwege, die Stoffwechsel- und Regulationswege von Pflanzen beherbergt

Eine vergleichende Genomik-Ressource zur Untersuchung der Gen- und Genom-Evolution in Pflanzen

PolyDoms ist eine vollständige Genomdatenbank zur Identifizierung von nicht-synonym kodierenden SNPs mit dem Potenzial, Krankheiten zu beeinflussen

Pomelo II ist ein webbasiertes, frei verfügbares Open-Source-Tool für die Analyse von Gen- (und Protein-) Expressions- und Gewebearray-Daten

Positional MEDLINE (PosMed) priorisiert Kandidatengene für das positionelle Klonen

PpiTrim dient zum Aufbau nicht redundanter und aktueller Interaktome

Predicted Arabidopsis Interactome Resource

Eine Datenbank mit potenziellen Pflanzeninteraktionen, detaillierten Anmerkungen und spezifischeren Konfidenzmessungen pro Interaktion

PRGdb ist ein Community-basiertes Datenbankmodell zur Analyse von R-Genen in Pflanzen

Die Proteomics Identifications Database des EBI ist ein massenspektrometrisch abgeleitetes Proteomics Data Repository

Eine Priorisierungsmethode für positionelle Kandidatengene unter der Annahme, dass die Mehrheit der verursachenden Gene funktionell eng verwandt sind

Protein Ontology (PRO) ist eine formale Darstellung von Proteinobjekten, die sowohl Beschreibungen dieser Objekte als auch der Beziehungen zwischen ihnen bietet

PROGgeneV2 ist eine Datenbank für die Krebsprognose von Pansen

ProKinO ist ein Framework für die Proteinkinase-Ontologie

Proteomischer Atlas des menschlichen Riechkolbens

Die Arbeitsgruppe Molecular Interaction (PSI-MI) der HUPO Proteomics Standards Initiative definiert Gemeinschaftsstandards für die Datenrepräsentation in der Proteomik, um Datenvergleich, -austausch und -verifizierung zu erleichtern

PSIQUIC ein Webservice für den Zugriff auf die PSI-MI-Interaktionsdaten

pSTIING ist ein „systemischer“ Ansatz zur Integration von Signalwegen, Interaktionen und transkriptionalen Regulationsnetzwerken bei Entzündungen und Krebs

PUPPI ist eine Pathway-Analysemethode, die ein Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk für Fallkontrolldaten verwendet

PyBioS ist ein System zur Modellierung und Simulation zellulärer Prozesse

Quartz-Seq ist eine hoch reproduzierbare und empfindliche Einzelzell-RNA-Sequenzierungsmethode, die nicht-genetische Genexpressions-Heterogenität aufzeigt

RDF2Graph ist ein Tool zum Wiederherstellen, Verstehen und Validieren der Ontologie einer RDF-Ressource

RDFScape ist ein Plugin, das entwickelt wurde, um Ontologien, die in OWL oder RDF in Cytoscape dargestellt werden, abzufragen, zu visualisieren und zu argumentieren

Eine Reihe von Annotationskarten für Reactome, die mit Daten von Reactome zusammengestellt wurden

ReactomePA ist ein R-Paket für die Reactome Pathway Analysis

ReConn ist ein Java-Plugin, das Cytoscape mit der Reactome-Datenbank verbindet

RefNetBuilder ist eine Plattform für den Aufbau integrierter regulatorischer Netzwerke für Referenzgene aus exprimierten Sequenz-Tags

Eine Datenbank mit annotierten Promotoren von Genen, die mit häufigen Atemwegserkrankungen und verwandten Erkrankungen in Verbindung stehen

ReMatch ist ein webbasiertes Tool zum Konstruieren, Speichern und Austauschen stöchiometrischer Stoffwechselmodelle mit Kohlenstoffkarten für die Stoffwechselflussanalyse

REPAIRtoire ist eine Datenbank mit DNA-Reparaturwegen

Rat Genome Database (RGD) ist eine Sammlung genetischer und genomischer Informationen über die Ratte

Rhea ist eine manuell kuratierte Ressource biochemischer Reaktionen

RhesusBase ist eine Wissensdatenbank für die Affenforschungsgemeinschaft

Ein Werkzeug zur Erkennung regulatorischer Motive in Signalisierungsnetzwerken

RNApathwaysDB ist eine Datenbank mit RNA-Reifungs- und -Zerfallswegen

ROCK ist eine Ressource für die funktionelle Genomik von Brustkrebs

R Spider ist ein webbasiertes Tool zur Analyse einer Genliste unter Verwendung des in den Datenbanken REACTOME und KEGG gesammelten systematischen Wissens über Kernwege und Reaktionen in der Humanbiologie

RxnFinder ist eine Suchmaschine für biochemische Reaktionen, die molekulare Strukturen, molekulare Fragmente und Reaktionsähnlichkeiten verwendet

System for the Analysis of Biochemical Pathways - Reaction Kinetics ist eine webbasierte Anwendung auf Basis der relationalen Datenbank SABIO, die Informationen über biochemische Reaktionen, ihre kinetischen Gleichungen mit ihren Parametern und die experimentellen Bedingungen, unter denen diese Parameter gemessen wurden, enthält

SAGA ist ein Subgraph-Matching-Tool für biologische Graphen

Synthetic Alternative Splicing Database zur Identifizierung neuer Isoformen aus der Proteomik

SASD ist die Synthetic Alternative Splicing Database zur Identifizierung neuer Isoformen aus der Proteomik

SB-KOM bietet die Integration von Pfadinformationen mit BioPax

Das Projekt Systems Biology Graphical Notation (SBGN) ist ein Versuch, die grafische Notation, die in Karten biologischer Prozesse verwendet wird, zu standardisieren

Die Strukturbiologie-Wissensdatenbank ist ein Portal zu Proteinstrukturen, -sequenzen, -funktionen und -methoden

Die Systems Biology Markup Language (SBML) ist ein computerlesbares Format zur Darstellung von Modellen biologischer Prozesse

SBML-Bridge ist ein XML-Pathway-Konvertierungstool

SciMiner ist ein wörter- und regelbasiertes biomedizinisches Literatur-Mining- und Functional-Enrichment-Analyse-Tool

SIDEKICK ist ein genomisch datengesteuertes Analyse- und Entscheidungsfindungs-Framework

Eine integrierte genetische Informationsressource für den menschlichen Hirnschlag

SignaLink ermöglicht Analysen auf Systemebene unter Verwendung des Netzwerks der wichtigsten intrazellulären Signalwege

Signalogs ist eine auf Orthologie basierende Identifizierung neuer Signalwegkomponenten in drei Metazoen

SignS ist ein Webtool zur Genselektion und Signaturfindung bei Problemen, bei denen die abhängige Variable das Überleben des Patienten oder allgemeiner eine rechtszensierte Variable ist

SimBiology bietet grafische und programmatische Werkzeuge für die computergestützte Systembiologie und Pharmakokinetik

SIPPER ist eine flexible Methode, heterogene Daten in ein Stoffwechselnetzwerk zu integrieren

SMART zeigt Domänen im Kontext von Genomen und Netzwerken

Die Small Molecule Pathway Database (SMPDB) ist eine interaktive, visuelle Datenbank mit mehr als 350 beim Menschen vorkommenden niedermolekularen Signalwegen

SNPranker ist ein genzentrisches Data-Mining-Tool für die krankheitsbezogene SNP-Priorisierung in GWAS

SOURCE ist ein Vereinheitlichungstool, das dynamisch Daten aus vielen wissenschaftlichen Datenbanken sammelt und zusammenstellt und dadurch versucht, die Genetik und Molekularbiologie von Genen aus den Genomen von Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus in einfach zu navigierende GeneReports zu kapseln

SPARQLGraph ist eine webbasierte Plattform zur grafischen Abfrage biologischer Semantic Web-Datenbanken

Signaling Pathway Integrated Knowledge Engine ist eine interaktive Softwareumgebung, die biologische Signalnetzwerke grafisch darstellt, dynamisches Layout und Navigation durch diese Netzwerke ermöglicht und die Überlagerung von DNA-Mikroarrays und anderen funktionellen Genomdaten auf Interaktionskarten ermöglicht

SPIRE ist eine systematische Forschungsumgebung für Proteinuntersuchungen

StarBase wird miRNA-ceRNA-, miRNA-ncRNA- und Protein-RNA-Interaktionsnetzwerke aus groß angelegten CLIP-Seq-Daten entschlüsseln

STITCH ist eine Interaktionsnetzwerk-Datenbank für kleine Moleküle und Proteine

STRING ist eine globale Sicht auf Proteine ​​und ihre funktionellen Interaktionen in 630 Organismen

SuperTarget ist eine Ressource zu Arzneimittel-Target-Interaktionen

Systems Biology Linker wurde für die Visualisierung von Pathway-Datendateien im BioPAX-Format entwickelt, z

SZGR ist eine umfassende Genressource für Schizophrenie

T1DBase konzentriert sich auf zwei Forschungsgebiete in Typ-1-Diabetes (T1D) und die Genetik der T1D-Anfälligkeit und Betazellbiologie

T2D-Db ist eine Datenbank aller molekularen Faktoren, von denen berichtet wird, dass sie an der Pathogenese von Typ-2-Diabetes bei Mensch, Maus und Ratte beteiligt sind

[email protected] ist eine Wissensdatenbank, die heterogene Verbindungen im Zusammenhang mit Diabetes mellitus Typ 2 integriert

T2DM-GeneMiner ist eine Webressource zur Analyse von Genen im Zusammenhang mit Typ-2-Diabetes mellitus

Taverna Workbench ist ein Open-Source-Tool zum Entwerfen und Ausführen von Workflows, die vom myGrid-Projekt erstellt wurden

TcoF-DB bietet einen umfassenden Ausgangspunkt für Untersuchungen zur Transkriptionsregulation, die PPIs zwischen Transkriptionsfaktoren, Transkriptionskofaktoren und anderen Proteinen umfassen

TEAK ist ein Framework zur Topology Enrichment Analysis zum Nachweis aktivierter biologischer Subpathways

Das Zellkollektiv ist ein offener und kollaborativer Ansatz für die Systembiologie

Die Zellzyklus-Ontologie ist eine Anwendungs-Ontologie, die detailliertes Wissen über den Zellzyklusprozess automatisch erfasst und integriert

TIM (Tools to Input Models) ist ein Werkzeug, das biologische Objekte und Informationen zur Modellierung biologischer Prozesse integriert

Toppgene Suite ist ein One-Stop-Portal für die Analyse der Genlistenanreicherung und die Priorisierung von Kandidatengenen basierend auf funktionellen Annotationen und Proteininteraktionsnetzwerken

TranscriptomeBrowser stellt ein neues Kompendium molekularer Interaktionen und ein neues Visualisierungstool für die Untersuchung von Genregulationsnetzwerken vor

TransDomain ist eine transitive domänenbasierte Methode zur Vorhersage von Protein-Protein-Interaktionen

TRANSPATH ist eine Informationsressource zur Speicherung und Visualisierung von Signalwegen und deren pathologischen Abweichungen

Die tYNA-Plattform für vergleichende Interaktomik ist ein Webtool zum Verwalten, Vergleichen und Mining mehrerer Netzwerke

UCD 2D-PAGE Datavase ist eine zweidimensionale Polyacrylamid-Gelelektrophorese-Datenbank

Der UCSC Genome Browser ist eine aktuelle Quelle für Genomsequenzdaten einer Vielzahl von Wirbeltier- und Wirbellosenarten und wichtigen Modellorganismen, integriert mit einer großen Sammlung ausgerichteter Anmerkungen

UCSD-Nature Signaling Gateway

Das UCSD-Nature Signaling Gateway ist eine umfassende und aktuelle Ressource für alle, die sich für Signalübertragung interessieren

Die Unified Human Interactome-Datenbank bietet Forschern eine umfassende Plattform, um Daten zur menschlichen Protein-Protein-Interaktion (PPI) abzufragen und darauf zuzugreifen

Die UniProt-Wissensdatenbank ist die zentrale Anlaufstelle für die Sammlung funktioneller Informationen zu Proteinen mit genauen, konsistenten und reichhaltigen Annotationen

Die Visualisierung und Analyse von Netzwerken mit experimentellen Daten ermöglicht das Laden und Bearbeiten von Diagrammen, die biologische Pfade oder funktionelle Hierarchien darstellen können

varSelRF ist ein R-Paket zur Genselektion und -klassifizierung mit Random Forest

VeryGene dient als Wissensdatenbank zu gewebespezifischen Genen und als Entdeckungswerkzeug, um überprüfbare Hypothesen für die Grundlagen- und klinische Forschung zu generieren

Virtual Pathway Explorer ist eine Cytoscape-App, die _omics-Daten mit Interaktom-Daten integriert

VirHostNet (Virus-Host Network) ist ein Wissensdatenbanksystem, das sich der Kuratierung, Integration, Verwaltung und Analyse von molekularen (hauptsächlich Protein-Protein-) Interaktionsnetzwerken zwischen Virus und Wirt sowie ihrer funktionellen Annotation (molekulare Funktionen, zelluläre Signalwege, Proteindomänen)

visANT ist ein integratives visuelles Analysetool für biologische Netzwerke und Pfade

VisHiC ist ein öffentlicher Webserver zum Clustern und Interpretieren von Genexpressionsdaten

Voronto ist ein Mapper für Ausdrucksdaten zu Ontologien

WAVe ist eine Webanalyse des Varioms

Web Apollo ist eine webbasierte Plattform zur Bearbeitung von genomischen Annotationen

WhichGenes ist ein webbasiertes interaktives Genset-Building-Tool, das eine sehr einfache Schnittstelle bietet, um stets aktualisierte Genlisten aus mehreren Datenbanken und unstrukturierten biologischen Datenquellen zu extrahieren

Ein Webserver mit annotierten menschlichen Protein-Protein-Interaktionen zur Unterstützung der Entdeckung der Proteinfunktion

WikiCell ist eine einheitliche Ressourcenplattform für die Human-Transkriptomik-Forschung

WikiPathways ist eine offene, öffentliche Plattform, die sich der Kuratierung biologischer Pfade durch und für die wissenschaftliche Gemeinschaft widmet

WIM (Web Interface for Modelling) ist ein Werkzeug, das biologische Objekte und Informationen zur biologischen Prozessmodellierung integriert

WormBase ist ein zentrales Datenarchiv für die Nematodenbiologie

YMDB ist eine Hefe-Metabolom-Datenbank

yOWL repräsentiert Wissen, das in der Saccharomyces Genomes Database unter Verwendung von OWL (Web Ontology Language) gefunden wurde.


Beispiele für biogeochemische Kreisläufe

Der Wasserkreislauf

Der biogeochemische Kreislauf des Wassers oder die Wasserkreislauf beschreibt die Art und Weise, wie Wasser (Wasserstoffdioxid oder H2O) wird in allen Erdsystemen zirkuliert und recycelt.

Ausnahmslos alle lebenden Organismen brauchen Wasser zum Überleben und Wachsen, was es zu einem der wichtigsten Stoffe auf der Erde macht. In komplexen Organismen wird es verwendet, um Vitamine und Mineralstoffe aufzulösen. Es wird dann verwendet, um diese Substanzen sowie Hormone, Antikörper, Sauerstoff und andere Substanzen im Körper und aus ihm heraus zu transportieren. Es hilft auch bei den enzymatischen und chemischen Reaktionen, die für den Stoffwechsel erforderlich sind, und wird zur Temperaturregulierung verwendet.

Auf geografischer Ebene ist der biogeochemische Kreislauf des Wassers für das Wettergeschehen verantwortlich. Die Temperatur, die Menge und die Bewegung des Wassers wirken sich auf alle Wettersysteme aus. Da Wasser in seinen verschiedenen Formen (Dampf, Flüssigkeit und Eis) mit seiner Umgebung interagiert, verändert es die Temperatur und den Druck der Atmosphäre, erzeugt Wind, Regen und Strömungen und ist verantwortlich für die Veränderung der Struktur von Erde und Gestein durch Verwitterung.

Obwohl es keinen wirklichen Anfang des Wasserkreislaufs gibt, werden 97% des weltweiten Wassers in den Ozeanen gespeichert, daher ist hier ein logischer Ausgangspunkt.

Ein sehr kleiner Teil des Ozeanwassers gefriert an den Polen und wird als Eis in Gletschern gespeichert.

Ein Teil des Oberflächenwassers wird durch die Sonne erwärmt, und Verdunstung stattfinden. Dabei wird das flüssige Wasser in Wasserdampf und wird in die Atmosphäre aufgenommen. Wenn das Wasser aufsteigt, kühlt es ab und Kondensation tritt ein. Dadurch wird das Wasser in Form von Wolken in der Atmosphäre gespeichert.

Wenn sich die Wolken um die Erdatmosphäre bewegen, kollidieren sie und wachsen. Irgendwann werden die Wassertröpfchen groß genug, damit sie schwer genug sind, um zu fallen Niederschlag (Regen) oder als Schnee, je nach Umgebungsbedingungen.

Der meiste Schnee, der fällt, wird entweder als Eiskappen gespeichert oder schmilzt zu Bächen und Flüssen.

Ein Teil des Wassers, das auf den Boden gelangt, wird durch die Schwerkraft beeinflusst und fließt über . zurück in den Ozean Oberflächenabfluss. Darüber hinaus verbindet sich ein Teil dieses Wassers mit Süßwasserströmen und Flüssen, die schließlich in die Ozeane führen, oder es kann in Seen und Stauseen gespeichert werden. Dieses Süßwasser kann von Tieren konsumiert werden, die das Wasser durch ihren Körper zirkulieren.

Ein Großteil des Wassers, das als Regen gefallen ist, versickert durch den Boden Infiltration. Hier dringt es entweder tief in das Gestein ein und bildet riesige Speicher namens Grundwasserleiter oder es bleibt relativ nah an der Oberfläche, da Grundwasserfluss.

Das Grundwasser wird von den Wurzeln der Pflanzen aufgenommen und für Photosynthese. Das Wasser wird dann in die Atmosphäre durch Verdunstung oder wird verzehrt, wenn die Pflanzen gegessen werden.

Ein Teil des Grundwassers entspringt aus Quellen und Oberflächengewässern und gelangt schließlich zurück ins Meer.

Der Kohlenstoffkreislauf

Als Hauptbestandteil biologischer Verbindungen kommt Kohlenstoff in allen Lebewesen vor, aber auch in vielen nicht lebenden Dingen wie Mineralien, der Atmosphäre, den Ozeanen und dem Erdinneren.

Obwohl Kohlenstoff ein wesentlicher Bestandteil des Lebens ist, kann Leben, wie wir es kennen, nur durch ein spezifisches Gleichgewicht atmosphärischer Komponenten und Bedingungen existieren. Daher ist es wichtig, ein Gleichgewicht zwischen der in Senken gespeicherten Kohlenstoffmenge und der Menge, die aus verschiedenen Quellen emittiert wird, aufrechtzuerhalten.

Obwohl alle biogeochemischen Kreisläufe des Kohlenstoffs miteinander verbunden sind, ist es einfacher, sie mit zwei Systemen zu visualisieren.

Schnelle biogeochemische Kohlenstoffzyklen

In diesem Zyklus, anorganischer Kohlenstoff, das als CO . in der Atmosphäre vorhanden ist2, wird gefangen genommen von Autotrophe. Dies sind in der Regel photosynthetische Organismen wie Pflanzen, Bakterien und Algen.

Bei der Photosynthese wird der Kohlenstoff in organische Verbindungen Glukose, die im Körper dieser Organismen gespeichert werden. Dieser Kohlenstoff kann viele hundert Jahre lang im Körper von Pflanzen in Gebieten wie tropischen Regenwäldern gespeichert werden.

Wenn die organischen Verbindungen von verbraucht werden heterotrophe, sie werden durch die Nahrungsnetz, wo sie mit Hilfe von . in nützliche Substanzen zerlegt werden Zellatmung. Zellatmung produziert CO2, das wieder in die Atmosphäre abgegeben wird.

Der Ozean ist die zweitgrößte Kohlenstoffsenke. Neben gelöstem anorganischem Kohlenstoff, der in der Tiefe gespeichert wird, enthält die Oberflächenschicht große Mengen an gelöstem Kohlenstoff, der schnell mit der Atmosphäre ausgetauscht wird.

Langfristige biogeochemische Kohlenstoffzyklen

Die langfristige Speicherung von Kohlenstoff erfolgt über Tausende oder Millionen von Jahren und ist wichtig für die Aufrechterhaltung stabiler atmosphärischer Kohlenstoffwerte.

Wenn ein Organismus stirbt, wird der in seinem Körper gespeicherte Kohlenstoff in CO . zerlegt2 und andere organische Stoffe durch Zersetzer. Während ein Teil dieses Kohlenstoffs in die Atmosphäre abgegeben wird, bleibt ein großer Teil davon im Boden gebunden. Durch diesen Prozess werden Böden zu wichtigen Reservoirs für die Kohlenstoffspeicherung.

Die größte Kohlenstoffsenke ist die Lithosphäre (die Felsen der Erde). Ein Großteil des Kohlenstoffs der Erde wurde bei der Entstehung der Erde in Gesteinen gespeichert, wird aber auch kontinuierlich durch den biogeochemischen Kreislauf der Biosphäre zirkuliert. Calciumcarbonat (CaCO3), die die Schalen von Meeresorganismen bilden, bildet Kalkstein, wenn er sich am Meeresgrund ansammelt. Dies ist einer der größten Kohlenstoffspeicher der Welt.

Fossile Brennstoffe enthalten auch riesige Mengen an Kohlenstoff, die aus den Überresten von Pflanzen und Tieren gebildet werden, die vor Millionen von Jahren gelebt haben. Unter bestimmten Bedingungen wurde der Kohlenstoff in ihren Körpern unter Druck gesetzt und „gekocht“, um Kohlenwasserstoffe zu bilden. Diese findet man heute in Form von Erdöl, Kohle und Erdgas.

Auswirkungen des Menschen auf den biogeochemischen Kohlenstoffkreislauf

Der Mensch hat einen drastischen Einfluss auf den natürlichen Kohlenstoffkreislauf in der Atmosphäre und in den Ozeanen.

Fossile Brennstoffe, die über Millionen von Jahren riesige Mengen an Kohlenstoff gespeichert haben, werden zu schnell verbrannt, als dass sie in Kohlenstoffsenken zurückgeführt werden könnten. Stattdessen wird es als Kohlendioxid und Methan (CO) in die Atmosphäre freigesetzt, wodurch verhindert wird, dass Wärme aus der Atmosphäre entweicht Treibhauseffekt.

Darüber hinaus setzt die Entwaldung neben anderen störenden Praktiken Kohlenstoff frei, der in Pflanzenmaterial gespeichert ist, und verringert die Anzahl der Pflanzen, die für dessen Gewinnung zur Verfügung stehen – dies gilt insbesondere für tropische Regenwälder und Torfmoore.

Die unnatürliche Störung dieses heiklen biogeochemischen Kreislaufs durch den Menschen könnte schwerwiegende Folgen für unseren Planeten haben.


Systembiologie von Saatgut: Das Geheimnis biochemischer Saatgutfabriken für die Ernährungssicherheit entschlüsseln

Samen dienen als biochemische Fabriken für Ernährung, Verarbeitung, Bioenergie und Speicherung von wichtigen Biomolekülen und dienen als Transportsystem zur Weitergabe der genetischen Information an die nächste Generation. Die Forschung zur Abgrenzung des komplexen Systems der Regulation von Genen und Signalwegen im Zusammenhang mit der Saatgutbiologie und der Nährstoffverteilung steckt noch in den Kinderschuhen. Um diese zu verstehen, ist es wichtig, die Gene und Wege zu kennen, die an der Homöostase von Biomolekülen beteiligt sind. In jüngster Vergangenheit werden mit dem Aufkommen und der Weiterentwicklung moderner Werkzeuge der Genomik und Gentechnik mehrschichtige „Omics“-Ansätze und Hochdurchsatz-Plattformen verwendet, um die Gene und Proteine, die an verschiedenen Stoffwechsel- und Signalwegen beteiligt sind, und deren Regulationen zu erkennen Verständnis der Molekulargenetik der Biosynthese und Homöostase von Biomolekülen. Dies kann möglich sein, indem systembiologische Ansätze durch die Integration von Omics-Daten untersucht werden, um die Komplexität der Samenentwicklung und der Nährstoffverteilung zu verstehen. Diese Informationen können zur Verbesserung biologisch wichtiger Chemikalien für die großtechnische Produktion von Nährstoffen und Nutrazeutika durch Pathway Engineering und Biotechnologie genutzt werden. Dieser Übersichtsartikel beschreibt daher verschiedene Omics-Tools und andere Zweige, die zusammengeführt werden, um den attraktivsten Forschungsbereich zur Etablierung des Saatguts als biochemische Fabriken für die menschliche Gesundheit und Ernährung aufzubauen.

Dies ist eine Vorschau von Abonnementinhalten, auf die Sie über Ihre Institution zugreifen können.


Biochemische Pfadkarten

Nach dem herausragenden Erfolg der beiden Poster seit über vier Jahrzehnten und der elektronischen Version, die über 20 Jahre lang (1994-2016) auf ExPASy gehostet wird, hat Roche eine neue elektronische Version von Biochemical Pathways entwickelt.

Dieser ist für alle Interessierten wie Biochemiker, Doktoranden und Studenten, Lehrer und Schüler frei zugänglich und ermöglicht es, beides zu erkunden Stoffwechselwege und Zelluläre und molekulare Prozesse.

Die elektronischen Biochemischen Pfade ermöglichen es dem Benutzer, die Wandtafeln mit Stichwörtern zu durchsuchen, Fokuseffekte zu setzen, Filterfunktionen zu aktivieren und Details und interessante Elemente zu vergrößern.Durch ein einfaches Navigationstool hat die digitale Version die Benutzererfahrung und die Navigation stark vereinfacht.

Um über die Wandtafeln auf die ENZYME-Datenbank von ExPASy zuzugreifen, verwenden Sie einfach die Suchfunktion, um das gesuchte Enzym zu "aktivieren". Es wird eine Liste aller passenden Einträge der Wandtafel "Biochemical Pathways" gegeben. Klicken Sie auf den Enzymnamen, um zum entsprechenden ENZYME-Datenbankeintrag zu navigieren.

Hardcopy

Mehr als 700'000 gedruckte Exemplare der Wandtafeln wurden weltweit an Forschende und Studierende aus den Bereichen Medizin und Biowissenschaften verteilt. Die Poster zum Biochemical Pathway stehen zum Download/Drucken zur Verfügung: Bitte senden Sie ExPASy-Mitarbeitern KEINE E-Mail mit Anfragen zu diesem Thema.


Alle Pfade anzeigen

Zellsignalwege können im Allgemeinen basierend auf dem Gebiet der Biologie in Gruppen eingeteilt werden. Hier können Sie alle verfügbaren Wege erkunden, einschließlich derer, die in eine Vielzahl von Bereichen der Biologie fallen – von Angiogenese und Apoptose bis hin zu Knochenbiologie, Stoffwechsel, Transkriptionsfaktoren und anderen.

AKT-Signalweg

AKT ist eine Serin/Threonin-Kinase, die an der Vermittlung verschiedener biologischer Reaktionen, wie der Hemmung der Apoptose, beteiligt ist.

Angiopoietin-TIE2-Signalgebung

Die Angiopoietine sind eine neue Familie von Wachstumsfaktorliganden, die an TIE2/TEK RTK (Rezeptor-Tyrosin-Kinase) binden.

Antigen-Processing und -Präsentation durch MHCs

Antigenprozessierung und -präsentation sind die Prozesse, die zur Assoziation von Proteinen mit Molekülen des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) zur Erkennung durch eine T-Zelle führen.

Apoptose durch Todesrezeptoren

Bestimmte Zellen verfügen über einzigartige Sensoren, sogenannte Todesrezeptoren (DRs), die das Vorhandensein extrazellulärer Todessignale erkennen und die intrinsische Apoptosemaschinerie der Zelle schnell entzünden.

APRIL-Pfad

Bei Immunantworten wirkt APRIL als Co-Stimulator für die B- und T-Zell-Proliferation und unterstützt den Klassenwechsel.

B-Zell-Entwicklungspfad

Bei Immunantworten wirkt APRIL als Co-Stimulator für die B- und T-Zell-Proliferation und unterstützt den Klassenwechsel.

B-Zell-Rezeptor-Komplex

Der B-Zell-Rezeptor (BCR)-Komplex besteht normalerweise aus einer Antigen-bindenden Untereinheit, die aus zwei Ig-Schwerketten, zwei Ig-Leichtketten und einer Signaluntereinheit besteht.

BMP-Pfad

Knochenmorphogenetische Proteine ​​(BMPs) sind eine große Unterklasse der Superfamilie der transformierenden Wachstumsfaktoren-beta (TGF-beta).

Krebs-Immunbearbeitung

Das Immunsystem versucht, das Tumorwachstum einzuschränken, aber manchmal können Tumorzellen diesem Immundruck entkommen oder diesen abschwächen.

CCR5-Weg in Makrophagen

Der C-C-Motiv-Chemokinrezeptor Typ 5 (CCR5) ist ein Mitglied der Chemokinrezeptor-Unterklasse der G-Protein-gekoppelten Rezeptor (GPCR)-Superfamilie.

CD4- und CD8-T-Zell-Abstammung

Jede reife T-Zelle behält im Allgemeinen die Expression des Co-Rezeptormoleküls (CD4 oder CD8) bei, das eine Haupthistokompatibilitätskomplex (MHC)-Bindungseigenschaft aufweist, die der ihres T-Zellrezeptors (TCR) entspricht.

Zellulärer Apoptose-Weg

Apoptose ist ein natürlich vorkommender Prozess, durch den eine Zelle zum programmierten Zelltod geleitet wird.

CTL-vermittelte Apoptose

Die zytotoxischen T-Lymphozyten (CTLs), auch Killer-T-Zellen genannt, werden während der zellvermittelten Immunität produziert, um Körperzellen mit einem fremden Epitop zu entfernen.

CTLA4-Signalweg

Der co-stimulatorische CTLA4-Weg schwächt oder reguliert die T-Zell-Aktivierung herunter. CTLA4 wurde entwickelt, um Körperzellen zu entfernen, die ein fremdes Epitop aufweisen.

Zytokin-Netzwerk

Zytokine wurden auf der Grundlage ihrer biologischen Reaktionen in pro- oder entzündungshemmende Zytokine eingeteilt, je nach ihrer Wirkung auf Immunozyten.

ErbB-Familienweg

Die ErbB-Familie der Transmembran-Rezeptor-Tyrosinkinasen (RTKs) spielt eine wichtige Rolle beim Wachstum und der Entwicklung von Organen.

Fas-Signalisierung

FAS (auch APO1 oder CD95 genannt) ist ein Todesdomäne-enthaltendes Mitglied der Tumornekrosefaktor-(TNF)-Rezeptor-Superfamilie.

FGF-Pfad

Einer der am besten charakterisierten Modulatoren der Angiogenese ist der Heparin-bindende Fibroblasten-Wachstumsfaktor (FGF).

Granulozytenadhäsion und Diapedese

Adhäsion und Diapedese von Granulozyten wurden meist im Zusammenhang mit nicht-lymphoidem Endothel untersucht.

Granzyme-Pfad

Granzyme A (GzmA) aktiviert einen Caspase-unabhängigen Zelltod-Weg mit morphologischen Merkmalen der Apoptose.

GSK3-Signalisierung

GSK3 ist eine ubiquitär exprimierte, hochkonservierte Serin/Threonin-Proteinkinase, die in allen Eukaryoten vorkommt.

Hämatopoese aus multipotenten Stammzellen

Hämatopoetische Stammzellen werden nach dem Ausmaß ihrer Selbsterneuerungsfähigkeit in Langzeit-, Kurzzeit- und multipotente Vorläufer eingeteilt.

Hämatopoese aus pluripotenten Stammzellen

Pluripotente Stammzellen sind in der Lage, praktisch alle möglichen Gewebearten des Menschen zu bilden.

ICos-ICosL-Weg in T-Helferzellen

IL-2 ist ein Zytokin, das das Wachstum, die Proliferation und die Differenzierung von T-Zellen, B-Zellen, NK-Zellen und anderen Immunzellen stimuliert.

IL-2-Genexpression in aktivierten und ruhenden T-Zellen

IL-2 ist ein Zytokin, das das Wachstum, die Proliferation und die Differenzierung von T-Zellen, B-Zellen, NK-Zellen und anderen Immunzellen stimuliert.

IL-6-Pfad

IL-6 ist ein pleiotropes Zytokin, das das Immunsystem und viele physiologische Ereignisse in verschiedenen Organen beeinflusst.

IL-10-Pfad

IL-10 ist ein pleiotropes Zytokin mit wichtigen immunregulatorischen Funktionen und dessen Aktivitäten viele Immunzelltypen beeinflussen.

IL-22-Pfad

IL-22 ist ein Mitglied der IL-10-Familie von Zytokinen und übt vielfältige Wirkungen auf das Immunsystem aus.

Interferon-Pfad

Interferone sind pleiotrope Zytokine, die am besten für ihre Fähigkeit bekannt sind, eine zelluläre Resistenz gegen eine Virusinfektion zu induzieren.

JAK/STAT-Pfad

Der JAK/STAT-Signalweg ist eine Signalkaskade, deren evolutionär konservierte Rollen Zellproliferation und Hämatopoese umfassen.

MAPK-Familienpfad

Mitogen-aktivierte Proteinkinasen (MAPKs) gehören zu einer großen Familie von Serin/Threonin-Proteinkinasen, die in so unterschiedlichen Organismen wie Hefe und Menschen konserviert sind.

Nanog bei ESC-Pluripotenz bei Säugetieren

NANOG ist ein Transkriptionsfaktor, der in pluripotenten Stammzellen transkribiert und bei der Zelldifferenzierung herunterreguliert wird.

P53-vermittelter Apoptose-Weg

Das Tumorprotein p53 ist ein nuklearer Transkriptionsfaktor, der die Expression einer Vielzahl von Genen reguliert, die an Apoptose, Wachstumsarrest oder Seneszenz als Reaktion auf genotoxischen oder zellulären Stress beteiligt sind.

Pathogenese der rheumatoiden Arthritis

Rheumatoide Arthritis (RA) ist eine chronische symmetrische polyartikuläre Gelenkerkrankung, die hauptsächlich die kleinen Gelenke der Hände und Füße betrifft.

PI3K-Signalgebung in B-Lymphozyten

Die Phosphoinositid-3-Kinasen (PI3Ks) regulieren zahlreiche biologische Prozesse, einschließlich Zellwachstum, Differenzierung, Überleben, Proliferation, Migration und Stoffwechsel.

RANG-Pfad

RANKL und sein Rezeptor RANK sind wichtige Regulatoren des Knochenumbaus und essentiell für die Entwicklung und Aktivierung von Osteoklasten.

RANK-Signalisierung bei Osteoklasten

RANKL induziert die Differenzierung von Osteoklasten-Vorläuferzellen und stimuliert die Resorptionsfunktion und das Überleben reifer Osteoklasten.

TGF-Beta-Pfad

Mitglieder der Transforming Growth Factor (TGF)-Beta-Familie spielen eine wichtige Rolle bei der Entwicklung, Homöostase und Reparatur der meisten Gewebe.

THC-Differenzierungsweg

T-Helferzellen vom Typ 1 (TH1) und Typ 2 (TH2) werden von T-Helferzellen abgeleitet und helfen Zellen des angeborenen und adaptiven Immunsystems.

TNF-Signalweg

Tumornekrosefaktor (TNF) ist ein multifunktionales proinflammatorisches Zytokin mit Auswirkungen auf den Fettstoffwechsel, die Gerinnung, die Insulinresistenz und die Endothelfunktion.

TNF Superfamilien-Pfad

Die Tumornekrosefaktor-(TNF)-Superfamilie besteht aus 19 Mitgliedern, die über 29 Rezeptoren signalisieren, die Mitglieder der TNF-Rezeptor(TNFR)-Superfamilie sind.

Transendotheliale Migration von Leukozyten

Der Transport von Plasmaproteinen und gelösten Stoffen durch das Endothel umfasst zwei verschiedene Wege: transzelluläre und parazelluläre Verbindungen.

Tumorizide Wirkungen von hepatischen NK-Zellen

Die Leber ist ein wichtiger Ort für die Bildung und Metastasierung von Tumoren.

TWEAK-Pfad

TWEAK ist ein zelloberflächenassoziiertes Protein, das zur Superfamilie der Tumornekrosefaktoren (TNF) gehört und mehrere biologische Aktivitäten besitzt.

VEGF-Familie von Liganden und Rezeptorinteraktionen

Der vaskuläre endotheliale Wachstumsfaktor (VEGF) ist ein hochkonservierter genetischer Weg, der sich von einfachen zu komplexen Systemen entwickelt hat.

Antikörper-Ressourcenbibliothek

Greifen Sie auf eine gezielte Sammlung wissenschaftlicher Anwendungshinweise, Methoden und Diagramme zur Zellsignalisierung zu.